Постепенно число земледельцев возросло. Они начали оказывать все большее воздействие на окружающую природную среду и таким образом угрожать природному равновесию, столь важному для нормального существования культуры неолитических айнов. Началось переселение айнов с Японских островов на Сахалин, Курильские острова и на Азиатский материк – в низовья Амура и Приморье.
Затем, в конце эпохи Дзёмон – начале эпохи Яёй – на Японские острова прибыло, через территорию позднейшей Кореи, несколько этнических групп из Центральной Азии. Эти новые пришельцы – охотники и скотоводы, говорившие на алтайских языках – и дали начало корейскому и японскому этносам. Согласно японскому антропологу Ока Масао, самый мощный клан алтайских мигрантов, осевших на Японских островах, послужил основой «роду Тэнно».
Многие ученые считают, что в III веке п. Р.Х. в Японию вторглись воинственные кочевники, родственные (или не родственные) далеким предкам нынешних маньчжуров или монголов. Возможно, это были иранские (арийские) племена кочевавшие, наряду с протомонголами, прототюрками и протоманьчжурами, в Великой Степи (Арианам-Вайджо, «Арийский простор») и значащиеся в китайских летописях как «златобородые усуни» и «динлины». Этим обстоятельством (особенно с учетом того, что древние монголы и тюрки, судя по сохранившимся описаниям, имели гораздо более европеоидный и, так сказать, «нордический» облик, чем их нынешние далекие потомки), возможно, объясняется как близкий к европейскому внешний вид немалого числа представителей высших классов японского общества, так и сходство японской истории с европейской. Пройдя через всю территорию современной Маньчжурии, эти воинственные северные кочевники захватили Корею, а затем завоевали и Японию. Их войско состояло из закованных в броню конных воинов (напоминающих своим вооружением древних скифов-саков, сарматов, парфян, согдийцев, бактриан, хорезмийцев и других древнеиранских катафрактариев). Они подчинили себе местные племена и утвердились сначала на Кюсю, а затем и на Хонсю, где на рубеже III-IV веков п.Р.Х. основали страну Ямато. Именно с завоеванием этими пришедшими с Севера воинственными всадниками Японии связывается появление там лошадей центрально-азиатской породы. Такие лошадки – низкорослые, мохнатые, неказистые, но зато очень выносливые и быстрые – служили всем степным кочевникам, вплоть до монголов и татар Чингисхана. Так что самураи, появившиеся на исторической арене именно как лихие конные стрелки из лука, возможно, являются прямыми потомками этих завоевателей.