Пребывание Патриарха Тихона на Троицком подворье продолжалось до 19 мая 1922 г., когда Святейший был перевезен в Донской монастырь и помещен под арест в полной от внешнего мира. В тот же день в Троицком подворье обосновалось обновленческое ВЦУ, и вскоре обстановка в нем стала похожей на быт заурядного советского учреждения.

…Семинарию, — главное центральное место для большинства членов собора. — В Московской духовной семинарии (Божедомский пер., ныне ул. Делегатская, главным фасадом выходит на Садово-Каретную улицу) проживала большая часть членов Собора. В актовом зале семинарии они часто обсуждали вопросы, касающиеся как церковной, так и общественной жизни России. В семинарской церкви свт. Николая ежедневно совершались службы силами членов Собора.

В 1844–1918 гг. Московская духовная семинария размещалась в старинном здании XVII в., принадлежавшем графу А. И. Остерману-Толстому, выдающемуся военачальнику, участнику войн с Наполеоном. 1 ноября 1844 г. при ней была освящена церковь в честь св. чудотворца Николая. Согласно старым планам, она находилась в зале на втором этаже в центре главного здания, а над переходом в западный флигель была главка с крестом. В центральной части здания размещались: в первом этаже — парадный вестибюль, в верхнем — церковь, со стороны двора — широкая парадная трехмаршевая лестница. Флигели семинарии представляют застройки позднего классицизма. В двух левых флигелях располагались квартиры преподавателей. Позднее был пристроен корпус, в котором располагалось общежитие для семинаристов.

Во время Первой мировой войны в Московской духовной семинарии в летнее время помещался лазарет для больных и раненых воинов. В 1917–1918 гг. в доме жили члены Всероссийского Церковного Собора, а почти все преподаватели Семинарии работали в составе Канцелярии Собора. 25 июня 1918 г. в соответствии с декретом советской власти об отделении Церкви от государства и школы от Церкви здание Московской духовной семинарии было национализировано «со всем имуществом и инвентарем» и передано в распоряжение ВЦИК, а духовные учебные заведения вскоре ликвидированы. В освободившееся общежитие семинарии поселили делегатов Пятого Всероссийского съезда Советов. Позднее в здании семинарии останавливались делегаты, прибывающие на съезды и конференции (Божедомский пер. был переименован в улицу Делегатскую). С 6 по 11 августа 1922 г. в здании семинарии заседал первый всероссийский съезд группы «Живая церковь». После революции домовая церковь, сравнительно бедная по обстановке, была ликвидирована, а в здании разместился Дом крестьянина. После Великой Отечественной войны в здании обосновались Президиум Верховного Совета и Совет Министров РСФСР. Комплекс зданий бывшей семинарии стоит на государственной охране; в него входят: главный дом, западный и восточный боковые флигели, ограда с воротами, выстроены в конце XVIII — начале XIX в. В 1981 г. Совет Министров выехал из здания, В 1982 г. здание был передано новому Музею декоративно-прикладного и народного искусства РСФСР. С 2000 г. здесь же располагается Детский центр декоративно-прикладного и народного искусства и филиал Государственного центрального музея современной истории России.