Султан смещал патриарха совершенно произвольно, поэтому приход никогда не чувствовал себя в безопасности. Во времена правления турок среди православных епископов появились свои мученики. Хотя епископы Кентербери между 1550 и 1560 годами также заканчивали свою жизнь преждевременно и насильственным путем, предусмотрительный человек, делая выбор между Кентербери и Константинополем, наверное, никогда и не выбрал бы последний.
Опасность оказывалась, как обычно, скорее физической, чем моральной, поскольку турки в большинстве случаев оставались вполне терпимыми, по крайней мере в отношении к православным верующим. Даже извлекавшиеся поборы выглядели более типичными проявлениями продажности двора, чем признаками религиозной враждебности.
Время от времени горячий султан или муфтий заявляли, что в обязанности турок входит искоренение всех христиан. Полагают, что и кровожадный Селим I, превозносимый турецкими историками за гуманизм, в частности за запрещение поджаривания осужденных на медленном огне, с трудом отвел от себя обвинения в массовых убийствах христиан. (Селим I Явуз (Грозный), р. 1467, султан в 1512–1520. Подавил восстание в Малой Азии. Произвел массовую расправу над шиитами, умертвив около 40 000 человек. Завоевал Курдистан, Сирию, Палестину и Египет, подчинил Хиджаз со священными для мусульман городами Мекка и Медина. —
Турки требовали от христиан и плату детьми, чтобы те обучались согласно турецким законам и соответственно использовались. Они, наконец, распорядились, чтобы по крайней мере одну церковь в каждом завоеванном городе превратили в мечеть. Если город отличался большими размерами, то и мечетей организовывали не одну. В самом Константинополе турки решили устроить восемь других мечетей помимо переделанной в мечеть великой Святой Софии.
В 1537 году турецкие муэдзины в Константинополе заявили, что в соответствии с мусульманским законом все христианские церкви в городе следует уничтожить, поскольку Константинополь является завоеванным и покоренным городом.
Патриарх с рыданием обнял образ Святой Девы Марии в храме Памакаристос, ставшем его собором после потери Святой Софии. Он советовался с великим визирем и законным правительством, распределял подарки, нанял пожилого свидетеля по имени Мустафа, который утверждал, что ему 102 года, что он сражался при осаде Константинополя и стал свидетелем того, что город не был завоеван, но сдался на милость победителей.
Адвокаты приняли заявление, и избавление от опасности отпраздновали литаниями и благодарственными молитвами. План великой резни христиан воскресили в 1595 году, узнав новости о разграблении города Патры испанским флотом. К нему вернулись в 1646 году, но так и не воплотили. Затея оказалась выгодной для турок, она явно должна была принести прибыль, однако подобные предложения не гармонировали с турецкими действиями и политикой.