Кроме разграбления церквей, происходившего после захвата каждого здания в плененных городах, турки определенное количество церквей уничтожили. Они предпочитали, чтобы церкви не выделялись, велели снимать высокие кресты, находившиеся на куполах и хорошо видимые и с суши и с моря, таким образом пытаясь принижать влияние православной церкви в городах.

В 1586 году турки изгнали христиан из Памакаристоса, с 1601 до 1924 года патриарху пришлось довольствоваться меньшей по объему церковью Святого Георгия. Однако церкви редко тревожили, если только, как происходило в некоторых частях Малой Азии, не оставалось христиан, которые бы могли их поддерживать.

Если из церкви делали мечеть, но последняя была не востребована, христианам разрешалось выкупать ее, так произошло в Ларнаке на Кипре. В Дамаске большую церковь разделили — причем странным образом и не поровну — между двумя религиями.

Скорее всего, сообщество монахов на горе Афон не сильно пострадало от турецких завоевателей. В 1542 году патриарх Иеремия смог основать большой новый монастырь в Ставрониките. Монастырь Святой Екатерины на горе Синай, бесспорно, благодаря благоразумной политике его настоятеля, позволившего построить мусульманскую часовню внутри своих границ, практически не тронули, только обложили большим налогом.

Там, где средств было достаточно, церковь легко можно было починить и украсить, хотя подобное и оставалось весьма непростым мероприятием, поскольку в 1502 году турецкие власти сместили одного патриарха, воспользовавшись как предлогом отсутствием разрешения от властей на строительство.

В греческих землях, на Балканах и в молодом Русском государстве православная церковь оставалась общенародной. На Крите, на острове Эвбея, в отдельных частях Албании мусульманское продвижение означало обращение христиан в ислам. Во время государственных событий, например при обрезании наследника Мурада III в 1582 году, немало христиан публично отреклись от своей религии.

Почти повсюду в странах Юго-Восточной Европы, захваченных турками, ислам оставался религией правящего меньшинства. Однако древняя христианская литургия и священная церковная организация по-прежнему пронизывали всю жизнь находящихся под гнетом турок людей. Салоники оставалась в основном греческим городом, здесь находилось двадцать церквей и четыре монастыря, противостоящие шести мечетям. Около 1570 года в Софии (Болгария) оказалось тринадцать мечетей, однако в подчинении у православного митрополита было порядка трехсот церквей и две церковные школы.

О влиянии греческих таинств свидетельствует их воздействие на простых мусульман. Хотя самая величественная из византийских церквей, церковь Святой Софии, была окружена минаретами и стала мечетью, христиане продолжали посещать святые места. Турки присоединялись к ним во время их поклонения, поскольку двери в храме были изготовлены из дерева священного ковчега. Или же встречались у святого колодца, отделанного камнем из колодца Вифлеема.