На формирование религиозно-философских взглядов Епифания Славинецкого, несомненно, решающее значение оказало учение и служба в Киевской братской школе. Он был знатоком не только греческой богослужебной литературы, но и прекрасным латинистом. Так, на основе словаря Амбросия Калепина он подготовил учебный «Лексикон латинский», старейший список которого датирован 1642 годом. Подобная «синтетическая» подготовка в значительной степени повлияла на то, что Епифаний Славинецкий ориентировался прежде всего на современную ему греческую догматику, на современную греческую «ученость», не стремясь разобраться в специфике и истории, собственно, русского традиционного понимания православного вероучения. Может быть, и поэтому его проповеди были сухи и заумны, это были проповеди ученого богослова, а не проповедника, ибо он нес своей пастве в большей степени знание о вере. С этим же фактом связано, что в его проповедях нередко встречаются чуждые русскому языку лексические конструкции. Само же понимание вероучительных и религиозно-философских вопросов было достаточно традиционным для греческой догматики, но выражено в прекрасных стилистических формах. Так, размышляя о противоречивости бытия, он создает настоящее литературно-художественное полотно: «Вознесох бо очеса горе и видех пространственное небо беспрестанным движением от востока на запад многоличным разньствием точащеся со светилы и всею лепотою своею; зрех низу и се вся непостоянна и мимогрядущая. Еще возвед очи на стихия, вижу, яко аер исполнь есть различнаго применения, огнь скорому повинен изменению, земля же ныне благовонными украшена цветы, на утрие нага внезапу зрится и бесплодна. Соньмище паки водное коль есть непостоянное, чаю, никомуждо невестно небыти…»

Знамя царя Алексея Михайловича. 1654 г.

Значительную роль сыграл Епифаний Славинецкий в спорах о «царстве» и «священстве». Его описание соборного заседания от 14 августа 1660 года, сделанное по поручению царя Алексея Михайловича, носит название «Деяние московского собора». «Деяние московского собора» — это не простая протокольная запись, а литературно обработанный памятник. Так, само слово «собор» используется автором как собирательный эпический образ, причем подобный литературный прием используется для того, чтобы подчеркнуть полное согласие, единодушие собравшихся с царем. В религиозно-философском и практическом смысле Епифаний Славинецкий четко занимал ту позицию, которая доказывала необходимость преимущества «царства» над «священством». Причем свои мысли он выражал опять же в прекрасной литературной форме: «Твое пресветлое величество царское есть светоносная благочестия твердь, есть незыблемый православия столп, есть непобараемый правоверия щит… Да благочестие во благочестивом твоем царстве, яко златозарное солнце сияет; да православие, яко крин благовонный процветает». За царем Славинецкий признает право на решение всех церковных дел: созывать церковные соборы, раздавать церковные чины.