В то же время параллельно с процессами распада в исламском сообществе постсоветского пространства начался поначалу робкий процесс новой интеграции. Инициатором этого процесса выступил глава Управления мусульман Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде, который в тяжелый переходной период не только сохранил, но и преумножил свое влияние.

4 сентября 1992 г. глава мусульман Закавказья прибыл в Грозный для участия в Международной конференции «Кавказский дом», по итогам которой было принято решение о создании Высшего религиозного совета народов Кавказа (ВРСНК) во главе с Аллахшукюром Паша-заде. Его первым заместителем и координатором был избран будущий муфтий Чечни Хусейн Алсабеков. Участники Конференции подчеркнули, что новая организация намерена активно участвовать в решении социально-экономических проблем региона и урегулировании межнациональных конфликтов⁸⁰.

23-24 ноября 1992 г. в Баку прошла Первая конференция ВРСНК, на которой был утвержден ее устав. Участие в ней приняли также делегаты из Русской и Грузинской Православных Церквей в лице митрополита Ставропольского и Бакинского Гедеона и священника Зураба Исиладзе, изъявившие желание вступить в новый альянс духовных лидеров. Среди поднятых лидерами ВРСНК проблем прозвучали темы Карабахского и осетино-ингушского конфликта, было принято «Обращение к народам и правительствам региона» с призывом объявить мораторий на изменение границ и применение оружия в любых конфликтных ситуациях. Резкое послание было направлено также президенту России Б.Н.Ельцину, которого призывали немедленно прекратить кровопролитие в районе осетино- ингушского конфликта и адекватно решить вопрос о репрессированных народах⁸¹.

С этого момента встречи ВРСНК стали проводить регулярно, однако по мере развития ситуации в Чечне отношения между чеченскими властями и Аллахшукюром Паша-заде стали ухудшаться. Лидер мусульман Закавказья с уважением относился к первому президенту Чечни Джохару Дудаеву в первые годы его правления, однако новые чеченские лидеры, ставшие затем главарями террористических банд, симпатии у него не вызывали. Именно поэтому II Конференция Международного форума «Кавказский дом» прошла в Грозном в ноябре 1997 г. без участия азербайджанской стороны, зато под патронажем «бригадного генерала» Салмана Радуева⁸².

После начала Первой чеченской войны Аллахшукюр Паша- заде призвал Россию остановить кровопролитие и заявил, что претензии к генералу Дудаеву не должны вести к страданиям всего чеченского народа. «Не силой оружия, а мудрой политикой Россия может завоевать уважение народов Кавказа», — отметил он в специальном заявлении, опубликованном в парламентской газете «Азербайджан». После этого шейх-уль-ислам не раз критиковал политику России на Кавказе, однако делал это корректно и конструктивно, что заметно контрастировало с резкими выпадами других зарубежных мусульманских лидеров⁸³.