Постепенно авторитет ВРСНК рос, и шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде предпочитал в первую очередь представляться как глава именно этой организации. Разобщенные после распада ДУМСК северокавказские муфтияты начали реинтеграционный процесс с вхождения ВРСНК, руководство которого помогало им не только морально, но и материально. Международные контакты ВРСНК помогли мусульманам региона выстроить правильную внешнюю политику и своевременно осознать всю опасность ваххабитской экспансии. Кроме того, созданный Аллахшукюром Паша-заде альянс духовных лидеров оказался эффективным механизмом межрелигиозного диалога, что получило высокую оценку Русской Православной Церкви.

Впоследствии муфтии Северного Кавказа интегрировались непосредственно в Управление мусульман Кавказа, в уставе которого отмечалось, что оно является высшим центром религиозных общин мусульман, проживающих в регионе Северного Кавказа. Альянс северокавказских муфтиев с Управлением мусульман Кавказа стал добровольным и не накладывающим на них особых обязательств — законодательство Российской Федерации не позволяло им в полной мере ориентироваться на религиозный центр, находящийся в другом государстве⁸⁴. 27 июля 2003 г. муфтии Координационного центра мусульман Северного Кавказа приняли участие в XI Съезде Управления мусульман Кавказа, где вместе с другими делегатами проголосовали за избрание Аллахшукюра Паша-заде пожизненным председателем этого управления⁸⁵.

Пик расцвета ВРСНК пришелся на 1998 г., когда в Баку открылись X съезд мусульман Кавказа и приуроченная к нему конференция «Современность и религиозно-нравственные ценности».

   1 октября 1998 г. в Баку собралось более 700 духовных лидеров Кавказа и гостей из других регионов, которые переизбрали шейх- уль-ислама Аллахшукюра Паша-заде на посту председателя ВРСНК и приняли ряд обращений, в частности, попросив российские власти уделить особое внимание теракту, унесшему жизнь лидера мусульман Дагестана муфтия Саид-Мухаммада Абубакарова⁸⁶.

Делегации высокого уровня в Баку направили правительство Российской Федерации и Русская Православная Церковь, страны Центральной Азии, Саудовская Аравия, Турция и Иран. Выступивший на открытии Съезда президент Азербайджана Гейдар Алиев призвал религиозных деятелей разработать советы и рекомендации по использованию ценностей ислама в современном мире, прежде всего при решении региональных конфликтов. Важным фактором спокойствия и стабильности в регионе глава азербайджанского государства назвал развивающееся в последнее время сотрудничество светских и религиозных властей⁸⁷.