Вскоре после этой встречи католикос-патриарх Вазген I направил духовному лидеру мусульман Закавказья Аллахшукюру Паша-заде послание с просьбой оказать содействие в отмене смертного приговора одиннадцати армянам, которые попали в плен 3 февраля в Лачинском районе. «Подобные приговоры, — говорилось в послании патриарха-католикоса, — опасны и чреваты тяжелыми последствиями для судеб военнопленных и заложников в обоих государствах». Вазген I напомнил, что в совместном заявлении двух духовных лидеров, подписанном по итогам встречи 8 февраля в Женеве, говорится о взаимном стремлении к обмену пленными и заложниками⁵.

Со своей стороны шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде, касаясь темы Карабаха, каждый раз подчеркивал, что это конфликт не является следствием религиозных противоречий между мусульманами и христианами, а носит политический характер. Будучи опытным дипломатом, он прекрасно понимал, что в случае объявления джихада Армении его страну наводнят моджахеды-ансары, которые будут не столько воевать с армянами, сколько наводить свои порядки в мусульманских общинах Азербайджана и учить их «правильному» исламу⁶. Время показало его правоту — история Чечни после 1995 г. стала прекрасной иллюстрацией к такому варианту развития событий⁷.

По итогам женевской встречи Патриарх Московский и всея Руси Алексий II направил шейх-уль-исламу Аллахшукюру Паша-заде телеграмму, в которой выразил радость ее обнадеживающими результатами. В ответном послании глава мусульман Закавказья, хорошо знавший патриарха Алексия II еще со времени депутатства в Верховном Совете СССР, предложил обсудить все вопросы при личной встрече и выразил готовность прибыть в Москву. 6 мая 1993 г. в Свято-Даниловом монастыре прошла первая встреча Аллахшукюра Паша-заде и Алексия II, посвященная армяно-азербайджанскому конфликту⁸. 18 ноября того же года при посредничестве патриарха Алексия II духовные лидеры Армении и Азербайджана провели первое собеседование в Москве, заявив по его итогам, что «тот, кто проповедует межрелигиозную ненависть, совершает тягчайший грех перед Всевышним» и призвав к мирному решению Карабахского конфликта⁹.

В следующем году предстоятель Русской Православной Церкви предложил духовным лидерам Азербайджана и Армении как можно скорее обратиться к лидерам всех вовлеченных в Карабахский конфликт сторон с призывом немедленно прекратить кровопролитие и развести войска. В его послании к Аллахшукюру Паша-заде и Вазгену I от 25 февраля 1994 г. он выразил готовность обратиться к руководству России с просьбой помочь достижению мира в районе конфликта. Он также обещал взять на себя любую форму посредничества в контактах религиозных общин Армении и Азербайджана. «Мы как духовные наставники верующих просто обязаны дать исстрадавшимся людям новую надежду на мир», — подчеркивал Алексий II¹⁰.