С 2007 г. Фонд принял активное участие в запуске программы Министерства образования и науки РФ по обеспечению подготовки специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама в 2007-2010 гг. План мероприятий в рамках программы был утвержден Распоряжением Правительства РФ от 14 июня 2007 года. Согласно нему в России предполагалось создать пять исламских университетских центров на базе Московского исламского университета, Российского исламского университета в Казани, Российского исламского университета в Уфе, Северо- Кавказского университетского центра образования и науки в Махачкале (бывший Институт теологии и религиоведения им. Мама-Дибира аль-Рочи) и Северо-Кавказского исламского университета имени Абу Ханифы в Нальчике (бывший Кабардино- Балкарский исламский институт). Впоследствии число таких центров было доведено до семи благодаря включению в список Нижегородского исламского института им. Х.Фаизханова и Российского исламского университета им. Кунта-хаджи Кишиева в Грозном⁷⁸.

Курировать исламские вузы в рамках программы Министерства образования было поручено ряду государственных университетов и институтов: Московскому государственному лингвистическому университету, Нижегородскому государственному университету, Кубанскому государственному университету, Северо-Кавказскому государственному техническому университету (Ставрополь), Смольному институту свободных искусств и наук Санкт-Петербургского государственного университета и Татарскому государственному гуманитарно-педагогическому университету. В круг их обязанностей входила подготовка учебных пособий, повышение квалификации исламских преподавателей, проведение конференций и семинаров. Своего рода ноу-хау этого проекта стали видеолекции, одновременно транслировавшиеся во всех вузах, участвовавших в Исламской программе Министерства образования⁷⁹.

Кроме того, в государственных вузах было введено квотирование мест для студентов, рекомендованных к обучению ведущими мусульманскими центрами. К 2008 г. число таких мест приблизилось к 200⁸⁰. Первая группа студентов, набранная по подобной квоте в Институт стран Азии и Африки МГУ, в 2008 г. успешно закончила свое обучение, причем большинство ее членов предпочли продолжить работу по полученной специальности. Впрочем, особых надежд на то, что все отучившиеся в государственных вузах мусульманские студенты будут трудиться на дело возрождения ислама в России, никто не питал. Высокооплачиваемых и перспективных должностей в мусульманских структурах оказалось не очень много, а работать имамами в сельской местности на заплату в 3-4 тысячи рублей готовы были далеко не все.