Соучредителями Фонда выступили Совет муфтиев России; Международная исламская миссия, ЦДУМ, КЦМСК и Всероссийская общественная организация «Аль-Хак». Правление Фонда формально возглавил ректор Московского исламского университета Марат Муртазин, хотя реально наибольшие полномочия оказались сосредоточены у главного советника Администрации Президента Алексея Гришина, ставшего членом правления. Помимо правления, контроль над Фондом был возложен на его Попечительский комитет, который возглавили президент Торгово-Промышленной Палаты России Е.М.Примаков и заместитель начальника Управления Президента Российской Федерации по внутренней политике М.В.Островский⁷⁵.

Предполагалось, что одной из главных задач Фонда станет упорядочение зарубежной помощи, продолжавшей бесконтрольно поступать российским мусульманам. Арабским и турецким благотворителям было предложено перечислять все средства на счет Фонда, после чего совместно с его руководством распределять их действительно нуждающимся мусульманским структурам. Помимо борьбы с достигшим неправдоподобных размеров воровством, данная мера была призвана перекрыть каналы финансирования откровенно экстремистских или антироссийских сил.

Естественно, что такая инициатива вызвала резко отрицательную реакцию ряда муфтиев и их сподвижников, в первую очередь — лидера Совета муфтиев Равиля Гайнутдина и президента Исламского культурного центра России Абдул-Вахеда Ниязова. Так, во время организованной Фондом конференции они пытались блокировать соответствующие инициативы его руководства, убеждая саудовских делегатов не изменять механизм перечисления средств. В итоге разразился скандал, и отношения между Администрацией Президента России и Советом муфтиев резко ухудшились.

К 2008 г. ежемесячный объем грантов, выделяемых Фондом десяткам мусульманских организаций, достиг 30 млн рублей⁷⁶. Эти средства расходовались на строительство и восстановление мечетей, поддержку исламских вузов и СМИ, проведение конференций и стипендии студентам, а также на множество других целей. При этом немалую часть финансовых потоков из-за рубежа действительно удалось замкнуть на эту структуру — так, в июне 2009 г. руководство Фонда договорилось с заместителем министра по делам религии и вакфов доктором Адель аль- Фаляхом о создании в России на условиях равного финансового участия Центра умеренного ислама «Аль-Васатыя», нацеленного на борьбу с исламским экстремизмом и развитие межрелигиозного диалога. При этом кувейтская сторона пообещала выделить стипендии для студентов исламских вузов России и помочь в оказании финансовой помощи Институту востоковедения Академии наук РФ⁷⁷.