«К сожалению, в последние годы отношения Русской Православной Церкви с нехристианскими религиозными организациями в России и странах СНГ претерпели определенные осложнения. Это связано в первую очередь с серьезными изменениями в структурах и руководстве организаций традиционных религий. Осмысление своего опыта и состояния, резкие разномыслия внутри религиозных структур, открывшиеся новые возможности привели к разделениям существующих десятилетиями организаций нехристианских религий, прежде всего мусульманских, к образованию многочисленных новых организаций, к изменениям в их программах. Следует сказать о второй, не менее важной, причине, осложняющей современные межрелигиозные отношения — появление большого числа новых религиозных движений, течений и толков. Их деятельность далеко не всегда безобидна. В то же время отрадно, что, несмотря на упомянутые трудности, сопровождающие наши отношения с нехристианскими религиями в странах, составлявших прежде Советский Союз, продолжает сохранять силу уже накопленный нами потенциал дружбы и сотрудничества, который, мы верим, в состоянии выдержать это противостояние», — отмечал в 1994 г. будущий Патриарх Московский и всея Руси Кирилл²⁴.

С 1997 г. Русская Православная Церковь по итогам визита председателя Отдела внешних церковных сношений митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла начала вести диалог в теоретической, богословской форме с иранским шиитским духовенством, выступив соучредителем совместной богословской комиссии по диалогу «Ислам-Православие», заседания которой стали проходить раз в два года поочередно в Москве и Тегеране. Вопрос о создании аналогичного постоянно действующего органа по диалогу с российскими нехристианами становился для православных все более актуальным²⁵.

23 декабря 1998 г. в Москве по инициативе Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата состоялось учредительное заседание Межрелигиозного совета России (МСР), на котором были выбраны пять членов его президиума: митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, верховный муфтий Талгат Таджуддин, муфтий Равиль Гайнутдин, главный раввин России Адольф Шаевич и глава Буддийской традиционной сангхи России пандито хамбо-лама Дамба Аюшев.

Заседания МСР стали проводиться в среднем три раза в год, а деятельность новой межрелигиозной структуры свелась преимущественно к реагированию на злободневные политические и макроэкономические события, осуждение актов терроризма и экстремизма, выступление с законодательными инициативами, позволяющими повысить духовность обществ и упросить функционирование религиозных институтов.