Первое заявление МСР, датируемое 25 марта 1999 г., было посвящено осуждению варварских бомбардировок союзной Республики Югославия силами Североатлантического альянca²⁶. С этого момента консолидированная позиция лидеров традиционных религий России стала систематически звучать в средствах массовой информации. Особенно часто МСР реагировал на террористические атаки, не просто призывая сохранять мир между религиями, но и прямо рекомендуя уничтожать террористов, причем лучше всего — превентивно. «Не надо бояться предавать справедливости террористов и их пособников, а если надо — то и уничтожить их, кем бы они ни были, где бы ни находились и какими бы лозунгами ни прикрывались. Мы настаиваем на том, что они стоят вне всякой религии и служат сатане, мечтая ввергнуть человечество в пучину отчаяния и захватить власть над миром», — говорилось в заявлении МСР по событиям в Беслане²⁷.

Особое внимание МСР уделял вопросам практической помощи религиозным организациям. После активной переписки с Федеральной энергетической комиссией и правительством

Москвы была достигнута договоренность о значительном снижении тарифов по оплате тепла и электроэнергии для всех религиозных организаций²⁸. Кроме того, члены МСР направили ряд писем в Министерство образования РФ с просьбами признать образовательный стандарт по теологии и упорядочить преподавание религий в средней школе²⁹.

4 июля 2001 г. МСР стал афиллированным членом Всемирной конференции религий за мир, а члены его президиума впоследствии вошли в действующий под ее эгидой Европейский совет религиозных лидеров³⁰. 25 декабря 2001 г. в МСР вступили две новых организации — Координационный центр мусульман Северного Кавказа и Федерация еврейских общин России, а к 2005 году он открыл свои отделения в Пермском и Красноярском крае, Калмыкии и Карачаево-Черкесии³¹.

В 2000 г. МСР провел первый в постсоветской России меж- религиозный саммит — I Межрелигиозный миротворческий форум (13-14 ноября 2000 г.), собравший более 100 духовных лидеров России и стран СНГ. В марте 2004 г. под эгидой МСР в Москве прошел II Межрелигиозный миротворческий форум (2-4 марта 2004 г.), участники приняли решение учредить Межрелигиозный совет СНГ. В новый Межрелигиозный совет, почетными сопредседателями которого стали Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и глава Высшего религиозного совета народов Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде, вошли главы религиозных общин всех стран СНГ, кроме Туркменистана — всего около 30 человек. Председателем исполнительного комитета Межрелигиозного совета СНГ был избран митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл³². В 2006 г. МСР совместно с Межрелигиозным советом СНГ провел в Москве крупнейший межрелигиозный саммит за всю историю России — Всемирный саммит духовных лидеров (3-5 июля 2006 г.), приуроченный ко встрече «Большой восьмерки» в Санкт-Петербурге'”.