Изучая высказывания муфтия Равиля Гайнутдина в отношении Русской Православной Церкви и ее лидеров, трудно отделаться от мысли, что председатель Совета муфтиев России испытывает к ним искреннюю ненависть. Конечно, при встречах с представителями Церкви, поздравлениях ее предстоятелю и разного рода программных выступлениях Гайнутдин всячески подчеркивал свою приверженность ценностям мусульманско-православного диалога и хвалил Церковь даже сильнее своего учителя Талгата Таджуддина, однако за глаза из его уст можно было услышать совсем другие заявления.

Например, московский муфтий практически одновременно пожаловался на митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, к которому за разрешением на строительство новых мечетей мусульман якобы посылали подмосковные чиновники⁴², и призвал Русскую Православную Церковь учитывать мнение мусульманской общины при возведении храмов, «чтобы непродуманные шаги не наносили ущерб межнациональному миру и согласию в России», осудив закладку православной часовни в Набережных Челнах в год 450-летия завоевания Казани Иваном Грозным. «Строительство православной часовни в год такого юбилея (2002) было не вполне корректным и даже оскорбительным для религиозных чувств мусульманского населения города», — подчеркнул при этом глава Совета муфтиев⁴³.

22 марта 2000 г. в Мемориальной синагоге на Поклонной горе, на третьем заседании Межрелигиозного совета России муфтий Равиль Гайнутдин устроил скандал по причине присутствия на нем верховного муфтия Талгата Таджуддина и покинул заседание, изложив свою позицию в статье «Кому выгоден раскол мусульман?», напечатанной его советником Вячеславом-Али Полосиным в «Мусульманской газете»⁴⁴.

Главная мысль этой статьи заключалась в том, что у мусульман России есть один законный лидер — Равиль Гайнутдин, поэтому Православная Церковь поступила провокационно, позвав в МСР также «запыленную фигуру прошлого» — верховного муфтия Талгата Таджуддина. «А кому вообще было нужно приглашать «альтернативное» Совету муфтиев России уфимское центральное духовное управление? Как отреагировал бы сам митрополит, если бы, придя на заседание МСР, он увидел бы рядом с собой анафематствованного им священника Глеба Якунина, киевского патриарха, епископов зарубежной и катакомбной церквей? Имеет ли сам митрополит полномочия представлять интересы самой древней христианской церкви в России — старообрядческой?» — вопрошал автор статьи, забывший о том, что с точки зрения Русской Православной Церкви аналогом киевского лжепатриарха Филарета в исламском сообществе России являлся скорее сам Равиль Гайнутдин.