Печоры снова стали приграничным городом — независимость Эстонии СССР признал еще 6 сентября 1991 года. И если бы не изменение границы в 1944-м, то монастырь, как и после Гражданской войны, оказался бы за рубежом.

…Архимандрит Павел, по Божиему соизволению ставший «последним советским» и «первым российским» наместником монастыря, покинул его в марте 1992 года, оставив по себе добрую и долгую память. Его сменил архимандрит Роман (Жеребцов, 1929–2012), бывший насельником обители с 1990 года, а до того всю жизнь служивший в Новосибирской епархии.

28 мая 1992-го Псково-Печерский монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. До этого он бывал там трижды — вместе с родителями в 1953-м, 9 декабря 1968-го и 22 августа 1974-го. Вместе с митрополитом Псковским и Великолукским Владимиром и епископом Истринским Арсением он совершил Божественную литургию в Михайловском соборе, молился перед чудотворными иконами Пресвятой Богоматери и святыми мощами основателей монастыря. В книге почетных гостей Патриарх особо отметил, что «имел сердечную беседу с духовником и старцем обители — архимандритом Иоанном». Они были знакомы давно и относились друг к другу с искренней теплотой.

Осенью 1993 года произошел случай, раскрывший о. Иоанна с неожиданной стороны для человека, который давно знал и любил его, — о. Тихона (Шевкунова, род. 1958), ныне митрополита Псковского и Порховского. Он поступил в Псково-Печерскую обитель послушником в 1982-м, затем работал в Издательском отделе Московского Патриархата под руководством владыки Питирима, в июле 1991-го принял монашеский постриг с именем Тихон. В обитель иеромонах Тихон прибыл в смятении — испортились его отношения с наместником Донского монастыря; как правильно поступить, он не знал. О. Иоанн долго говорил со своим воспитанником в келии, потом отправил его на всенощную и сказал, что скоро подойдет и сам.

Вспоминает митрополит Тихон (Шевкунов): «Вместе с молодыми монастырскими иеромонахами мы, уже облачившись, ждали акафист в древнем пещерном алтаре Успенского собора. Вдруг к нам подошел отец Иоанн. Мы расстались с ним полчаса назад, но тут он сразу показался мне каким-то необычным — сосредоточенно-строгим. Не говоря ни слова, батюшка взял меня за руку и подвел в центр алтаря, к престолу. Здесь он сделал три глубоких поклона, с благоговением приложился к Святой Трапезе и велел мне сделать то же. Потом, обратившись ко мне, он произнес:

— А теперь слушай волю Божию…

Никогда до этого я не слышал от отца Иоанна подобных слов.