Просыпаясь в Вярске по утрам, о. Иоанн первым делом уходил в предрассветный, окутанный туманом лес, чтобы встретить восход солнца на поле, за чтением акафиста «Слава Богу за всё». «Слава Тебе, показавшему нам свет!» — слышали его спутники… Возвращались после молитв уже через оживший лес, под перекличку птиц. Днем старец обычно уединялся на опушке леса с книгой, а келейницы поодаль собирали грибы или ягоды. Однажды к о. Иоанну подошла отделившаяся от стада овечка и дважды ласково лизнула его в лицо, а он в ответ так же ласково поцеловал ее в лобик. И рассказал, как в детстве, в Орле, во время детской игры к нему точно так же приблизился барашек с позолоченными, как ему показалось, рожками и «поцеловал» в щеку. Родные тогда восприняли это за знак того, что Ваня станет священником, что и произошло.

Вообще животные, как и люди, тянулись к о. Иоанну словно сами собой, неосознанно, а он их обожал еще с детства. В Летове любил брать в руки новорожденных гусят, обязательно спросив при этом разрешения у гусыни. Завидев теленка, шел к нему, гладил, долго говорил ему что-то. В монастыре с удовольствием кормил лошадей. А в Вярске у него был любимый пес, курчавый и лохматый настолько, что не было видно глаз, — Нопи. Батюшка подолгу играл с ним, разговаривал, и было полное ощущение того, что Нопи понимает обращенные к нему слова.

— Я ведь горожанин, и как мне радостно видеть всё это живое, ведь этого я в жизни мало видел, — объяснял о. Иоанн.

Конечно, были и беседы с местными жителями. Вспоминает Т. С. Смирнова: «На опушке леса в эстонском поселке ждали встречи с девяностолетним старцем отцом Иоанном мужики, потерявшие в жизни ориентиры, — пьяницы и изгои общества. Они поджидали выхода батюшки на вечерние прогулки по лесу. Когда он появлялся, один из них отделялся от этой жалкой компании и устремлялся навстречу.

Батюшка движением руки отсылал нас вперед. Отойдя на почтительное расстояние, оглядываясь, мы видели трогательную сцену. Отец Иоанн, склонившись, целовал голову стоящего перед ним на коленях бедолаги, и между ними начиналась неслышная длительная беседа».

На отдых обычно везли с собой множество духовных книг, и читал батюшка почти беспрерывно. Время от времени он подзывал близких, чтобы прочесть какой-то особенно впечатливший фрагмент вместе. «За отпуск прочитывались все каноны Матери Божией, которые в течение года читаются на повечерни, — вспоминает Т. С. Смирнова. — Все праздничные службы он совершал и в отпуске, только литургию заменял обедницей. Причащались по праздникам взятыми из монастыря запасными Дарами».