Версию о причастности Администрации Президента РФ к созданию РАИС разделяет А.‐В. Ниязов, который утверждает, что некоторые чиновники, курировавшие отношения государства с мусульманскими религиозными организациями, принимали непосредственное участие в создании РАИС, а затем и другого «параллельного» муфтията – Духовного собрания мусульман России (ДСМР). Ниязов фактически повторяет официальную точку зрения СМР – ДУМ РФ о том, что создание РАИС стало ответом на попытку объединения трех межрегиональных муфтиятов в 2009–2010 гг.[1007] Версию Совета муфтиев о происхождении РАИС в целом разделяют председатель Духовного управления мусульман Саратовской области М. Бибарсов[1008], бывший муфтий ДУМ РТ Г. Галиуллин[1009], политолог Р. В. Айсин[1010] и другие. Не противоречат указанной версии и слова Р. А. Силантьева: «Общероссийский муфтият создавался для защиты от чрезмерных амбиций муфтия Равиля Гайнутдина и считался временной мерой»[1011].

А. А. Гришин не отрицает, что инициатором создания РАИС выступило государство:

Это была не моя инициатива, но исходила от представителей органов власти, которые устали от распрей, доносов, обвинений мусульманских организаций друг против друга… оставалось около 10 лояльных государству, но независимых муфтиятов, которые объективно не могли никуда войти. Их основные руководители находились в конфликтах с основными организациями или не могли никуда войти географически. Вот их и попытались объединить в РАИС! Для удобства! Потому что между собой они не конфликтовали[1012].

Это была не моя инициатива, но исходила от представителей органов власти, которые устали от распрей, доносов, обвинений мусульманских организаций друг против друга… оставалось около 10 лояльных государству, но независимых муфтиятов, которые объективно не могли никуда войти. Их основные руководители находились в конфликтах с основными организациями или не могли никуда войти географически. Вот их и попытались объединить в РАИС! Для удобства! Потому что между собой они не конфликтовали[1012].

Однако связь между созданием РАИС и началом переговоров об объединении представителей российских муфтиятов Гришин категорически отрицает: «К развалу некоего объединительного процесса РАИС отношения не имеет и даже не совпадает по времени!»[1013].

Совершенно иную версию происхождения РАИС излагает один из ее основателей – Мухаммедгали Хузин. В 2010 г. он, будучи муфтием Пермского муфтията (независимого регионального духовного управления), был избран председателем исполкома РАИС[1014].