Организация Успенской церкви в 1363 г. как исповедальной с ее уникальной «протестантской» живописью в выбеленном храме указывает на определенное соглашение, на достижение «единства веры» на основе взаимных уступок: владыка разрешает каяться в грехах у покаянных крестов и предоставляет храм в монастыре для причастия «оглашенных». Стригольники со своей стороны допускают возможность контроля над людским составом причащающихся «дароимцев» и, очевидно, принимают причастие из рук священника в храме, подобном Волотовской Успенской церкви с ее росписью, открывающейся сценой винопития верующих «ищущих ума».

После Куликовской битвы, глубоко и надолго изменившей многое в русском самосознании, произошло какое-то изменение и во взаимоотношениях стригольников и новгородской церкви. Москва посылает учителей-прокуроров, а архиепископ стремится к автокефалии и явно мирволит стригольникам и идет на сближение с ними.

На поучение Стефана Пермского 1386 г. (точнее, в великий пост 1387 г.) Алексей ответил великолепной росписью Волотовского храма с ее гимном Премудрости и книжности, с ее высоким гуманистическим взлетом и расчетом на квалифицированного зрителя.

Роспись завершалась, как отмечают искусствоведы, уже после смерти Алексея, что и позволило дать большую фреску над южным выходом: два архиепископа по сторонам трона богоматери — гонитель стригольников Моисей и покровитель этих вольнодумцев — Алексей. Это, возможно, символ какого-то конкордата, временного примирения (вероятнее всего, 1363–1390 гг.) официальной церкви (Моисей) и «ищущих ума» вольнодумцев (Алексей); оба владыки изображены с нимбами, как святые.

После поучения Стефана ровно на 30 лет исторические источники о стригольниках замолкают, и вновь появляются лишь в 1416 г., при Фотии. Этот митрополит-грек получил огромное количество доносов из Пскова и, плохо зная русскую действительность, со слов тех, которые «пишут ми», нагромоздил очень много обвинений на стригольников, принимать которые всерьез не стоит. Единственное, что бесспорно, — это тревога митрополита по поводу постройки кем-то большого количества новых церквей вне поля зрения епископов.

Новая ситуация объясняется просто: когда митрополитом всея Руси стал энергичный, хитроумный и бесцеремонный Киприан и приехал в Новгород, то новгородцы, слушая его проповедь в Софийском соборе, заткнули уши и не подошли под благословение. Киприан, по-видимому, мстил новгородцам и, по всей вероятности, разогнал всех, за кем числились те или иные вины. Вольнодумцам, пренебрегшим святительским благословением, пришлось покинуть град (этим прозил еще Стефан) и водружать новые жертвенники где-то в других, новых местах. Как бывалый и много испытавший деятель, Киприан, очевидно, не захотел оставлять следов своей мести людям новгородской епархии, чем и объясняется длительное молчание источников. Новый митрополит, Фотий, получил множество донесений о том, что стригольники «ударились в беги» и что повсюду воздвигаются новые храмы.