Публикация вызвала скандал, который даже называли «Файлгейт». В сообщениях на англоязычных сайтах, посвящённых этому эпизоду, приводились данные о том, что Президент Билл Клинтон отдал негласное указание начать собирать на Купера любой доступный компромат, с тем чтобы в ходе последующего судебного преследования надёжно закрыть правдоруба, как говорится, в местах не столь отдалённых.

Результат не заставил себя ждать. В июне 1998 года Купер был обвинён в уклонении от уплаты налогов за период 1992–1994 годов, а также в мошенничестве при получении банковских кредитов. Так как Купер не явился по повестке в федеральный суд, 1 июля 1998 года был выдан ордер на его арест.

Уильям Купер в ответ на своём веб-сайте заявил, что в той части штата Аризона, где он проживает, федеральное законодательство — в рамках разграничений полномочий между федеральным правительством и местным самоуправлением штата Аризона — не действует, а поэтому все повестки и ордеры на арест, выдаваемые федеральными структурами, являются юридически ничтожными. А в случае, если его всё-таки попытаются арестовать, он пойдёт на применение огнестрельного оружия.

Сложно сказать, что больше возымело действие: угроза применения оружия в случае насильственного ареста или апелляция к действующему законодательству. Но федералы отступили, заявив, что они не могут допустить кровопролития.

Купер, тем не менее, на некоторое время был вынужден покинуть Соединённые Штаты. Но в начале 2000-х годов он вернулся. И в радиоэфире, который состоялся 28 июня 2001 года, заявил, что руководство США готовит крупномасштабный террористический акт, вина за осуществление которого будет возложена на Усаму бен Ладена.

Это было уже слишком! И тогда федералы решили зайти с другой стороны. В июле и сентябре 2001 года против Уильяма Купера было подано два заявления на имя шерифа графства Апачи (штат Аризона), в которых говорилось, что Купер, проживая в своём доме в городке Игар (Eagar), угрожал проходившим мимо гражданам применением огнестрельного оружия. Так как Купер на повестки и прочие приглашения не реагировал, было принято решение о его аресте и принудительном приводе в правоохранительные органы. Операцию по задержанию, как и полагается, назначили на тёмное время суток: она началась 6 ноября 2001 года в 11 часов 40 минут по местному времени.

Несколько кварталов, прилегающих к дому Уильяма Купера, были оцеплены милицией графства, которые получили предупреждение о том, что Купер вооружён и очень опасен. Из заметки, которая на следующий день, 7 ноября 2001 года, была опубликована в газете «Los Angeles Times» («Arizona Militia Figure Is Shot to Death»; дословно можно перевести так: «Милиция Аризоны стреляет на поражение») невозможно понять, как именно развивались события. А из интернет-публикаций картина складывалась такая.