В соответствии с полученными инструкциями в ходе этой операции войска воздерживались от сжигания населенных пунктов и хуторов. Отдельные же исключения из этого установленного правила в первый день наступления благодаря жестким приказам в дальнейшем были пресечены. Одновременно силы тайной полевой полиции и 9-й эйнзацкоманды эйнзацгруппы «В» СД осуществили проверку 169 деревень и 3583 человек, 804 из которых затем переместили в сборный лагерь, а 227 опознанных партизан и 406 партизанских пособников расстреляли. Кроме того, командование 9-й эйнзацкоманды доложило о расстреле 823 бандитов и их пособников, из них 127 вооруженных женщин, 33 дезертировавших волжских татар и 4 евреев.

В докладе же штаба 201-й охранной дивизии (NOKW 2137) и 717-й группы тайной полевой полиции (NOKW 706) об итогах операции содержатся сведения о 3738 убитых партизанах, в том числе 3 офицеров и 5 комиссаров и 260 бандитов, взятых в плен. При этом потери ударных групп составили 117 убитых, в том числе 5 офицеров, 334 раненых и 21 пропавших без вести.

Между тем еще до окончания операции «Шаровая молния» командующий 590-м армейским тыловым районом выпустил директиву об обхождении с населением, партизанами и их имуществом, в которой подчеркнул, что соблюдение принципов справедливости и сохранение условий обитания для местных жителей являются важными предпосылками для длительного умиротворения края. Он заявил, что насилием нельзя добиться сотрудничества населения и тот, кто применяет силу, оказывает тем самым содействие большевизму, и поэтому ожидает от солдат строгого соблюдения законов военного времени.

В этой директиве от 7 марта 1943 года однозначно подчеркивалось: «Необходимо понимать, что мы как никогда нуждаемся в помощи русских как в восстановлении занятых территорий, так и в качестве помощников в борьбе с партизанской опасностью. Нашим врагом является не русский народ, а большевизм. Поэтому пристойное и справедливое обращение даже с чуждым нам народом, особенно с беззащитными людьми, должно стать для солдат само собой разумеющимся правилом… Скот и имущество, без сомнения принадлежащие не имеющему отношения к бандитам населению, должны оставаться нетронутыми или быть возвращены… Эксплуатация края не является задачей войск. Их цель состоит в завоевании доверия населения и сохранении условий его обитания» (NOKW 2128).

И подобные голоса, призывавшие к благоразумию, были далеко не единичны. Вопреки воле Гитлера, выступавшего за освобождение от судебного преследования всех солдат, участвовавших в антипартизанской борьбе, в приказах высшего командования вермахта тем не менее содержались указания, предписывавшие подвергать судебному преследованию всех военнослужащих, совершивших любые преступления и самоуправство.