Муравьев соглашался. Офицер ему импонировал, на такого можно было положиться.

— Подождем, пока большевики задушат Керенского, а потом мы их перевешаем.

Муравьев предлагает Семенову отправиться в Сибирь и приступить к формированию частей из иноверцев.

С мандатом военного комиссара Временного правительства есаул Семенов формирует части, вооружает их и подчиняет себе. В Чите ему захотелось уничтожить весь совдеп и провозгласить себя военным диктатором Сибири и Монголии. О заговоре стало известно, и по этому поводу состоялось специальное заседание совдепа. Семенова решено было арестовать и предать революционному трибуналу. Семенов спешно покинул Читу. На станции Маньчжурия разоружил вместе с Унгерном гарнизон в полторы тысячи штыков. Унгерна назначил комендантом Хайлара, выделил ему отряд, а сам отправился в Харбин за оружием. Но командующий войсками на КВЖД генерал Хорват отказал ему. Семенов силой забрал оружие, патроны и вернулся на станцию Маньчжурия.

Мандат Временного правительства действовал безотказно, он быстро собрал внушительный отряд, сам себя назначил атаманом сибирских казаков. Читинское правительство, состоящее из эсеров и меньшевиков, уже не могло с ним не считаться. После назначения Колчака верховным правителем в Омске у Семенова с ним начался разлад. Колчак дал приказ арестовать самозваного атамана и послал в Читу генерала Волкова во главе кавалерийского полка. До кровопролития не дошло. После переговоров с Волковым по телефону Семенов решил помириться с Колчаком. Колчак простил есаула, произвел его в генерал-майоры и назначил командующим Читинским военным округом. В октябре 1919 Семенов уже военный губернатор Забайкальской области и помощник командующего вооруженными силами Иркутского округа генерала Розанова, который имел штаб-квартиру во Владивостоке.

7 февраля 1920 года, как раз в Христов день, был расстрелян Колчак, а незадолго до этого, 4 января, он передал всю власть Семенову, как это утверждал сам Семенов. Против нового верховного начали кампанию генералы Дитерихс, Сукин, Пучков, Сахаров. По настоянию командующего армией генерала Вержбицкого Семенов выехал в Читу, в надежде уладить скандал. Но по дороге узнал, что его хотят арестовать и выдать красным. Путь назад оказался отрезанным. Семенову пришлось высадиться, и он спешно, на неисправном аэроплане, отбыл в Даурию.

К 20 ноября 1920 года, части Красной Армии выгнали Семенова с территории Забайкалья в Маньчжурию.

5 декабря под охраной японцев он прибыл во Владивосток. В тот же день ему нанес визит начальник штаба экспедиционных войск генерал Такаянаги, который сообщил, что на станции Маньчжурия взбунтовались генералы и отказались подчиняться Семенову. Впоследствии Семенов жаловался: «Так моими генералами был сорван план образования национальной государственности. Я ушел в Порт-Артур, чтобы продолжать борьбу против большевизма». Возвращаясь назад, Семенов оставил братьям Меркуловым большие деньги для организация переворота.