Масла в огонь подлил так называемый «Антикоминтерновский пакт», заключенный гитлеровской Германией и Японией в 1936 году. Это был военно-политический союз, открыто направленный против СССР. Отныне в Кремле рассматривали всю обстановку на Дальнем Востоке как предвоенную. К тому же японские генералы, концентрацией войск у советской границы и многочисленными пограничными инцидентами подогревали уверенность Кремля в близкой большой войне с Японией.
В этих условиях руководители СССР стали решать вопросы безопасности Дальнего Востока чисто военными методами. Японская, китайская и корейская диаспоры Приморья пугали Кремль призраком многочисленной «пятой колонны» (кстати, это понятие возникло и распространилось по миру именно с лета 1936 года).
С японской диаспорой было проще – самая малочисленная, она концентрировалась в основном во Владивостоке. После бегства в 1922 году большинства японцев города от наступающих красных войск, период НЭПа вновь оживили японскую деятельность и коммерцию на русском Дальнем Востоке. Но все 20-30-е годы советские власти, находясь в очень сложных отношениях с Японией, не приветствовали появление японцев в Приморье. Число постоянно проживавших во Владивостоке подданных японского императора неуклонно сокращалось.
Однако, до 1931 года в городе действовал филиал главного банка японской Кореи «Тёсэн гинко», выходился газета на японском языке «Урадзио-Ниппо», работали японская школа и детский сад. Любопытно, что, по отзывам современников из Токио, много японских детей Владивостока плохо говорили по-японски, так как дома они общались с русскими горничными и сверстниками.
После заключения «Антикоминтерновского пакта» Германии и Японии в 1936 году советские спецслужбы во Владивостоке получили приказ организовать круглосуточную слежку за всеми без исключения японскими жителями города. В домах всех подданных Японии не имевших дипломатического статуса провели обыски. И японцы стали покидать Владивосток.
В июне 1937 года произошло несколько боев японских и советских войск в районе пограничного озера Ханка и на Амуре. В том же месяце Владивосток покинуло 11 последних японских семей, и был закрыт единственный в городе буддийский храм. Его настоятеля Тоидзуми Кэнрю обвинили в спекуляции серебряными монетами и арестовали. В сентябре 1939 года, отсидев срок в советской тюрьме, этот японский монах вернулся на родину – он был последним подданным Страны восходящего солнца, завершившим историю японской диаспоры на Дальнем Востоке России.