В городах Приморья и Хабаровского края все подвалы каменных зданий, стоящих на перекрёстках улиц, были переоборудованы в противотанковые и пулемётные ДОТы. Всю войну, до 1945 года на Дальнем Востоке готовили и бомбоубежища, только во Владивостоке их было выстроено 2303, а в Хабаровском крае – 7129, что позволяло укрыть от возможных бомбёжек одновременно 57 % всего населения.
На случай японского наступления заранее готовили и партизанскую войну. В Приморье, Хабаровском крае, Читинской области и Бурятии в 1941-43 годах было создано 392 партизанских отряда общей численностью 15 тысяч человек, прошедших подготовку для действий в тылу противника. В тайге для них оборудовали секретные базы и тайники с оружием и продовольствием.
В городах и посёлках Дальнего Востока из стариков, имевших опыт подпольной работы в годы гражданской войны, создавали законспирированные ячейки на случай японской оккупации. В мае 1942 года на Дальний Восток даже перебросили часть людей, которых осенью 1941 года подготовили в качестве подпольщиков для нелегальной работы в Москве, если её захватят немцы. После того как опасность столице миновала, они прибыли в Приморье и Хабаровский край с соблюдением всех мер секретности и приступили к подготовке конспиративной сети для борьбы в японском тылу, если противник сможет захватить дальневосточные города.
Опасность нападения не исчезла даже после того как Япония в декабре 1941 года начала войну против США – в боях с англичанами и американцами основной ударной силой был японский флот, тогда как большая часть сухопутной армии Японии продолжала оставаться в Маньчжурии и Китае, недалеко от советских границ. Вероятность японского нападения снизилась лишь в 1943 году, когда Токио не только втянулся в изнурительную войну против США на островах Тихого океана, но и окончательно убедился в том, что Гитлер не способен победить силы СССР на Западе.
Поэтому до конца 1942 года, в период наибольшей угрозы нападения со стороны Японии, все соединения и части первого эшелона советских войск на Дальнем Востоке были приведены к штатам военного времени и находились не в казармах, а непосредственно в заранее отрытых и подготовленных окопах. По ночам на боевых позициях дежурило 50 % солдат и командиров.
На протяжении всей Великой Отечественной войны наш Тихоокеанский флот находился в повышенной готовности – так называемая «боевая готовность № 2», которая предусматривала что по получении приказа флот максимум через 4 часа должен выйти в море. На огневых позициях стояли артиллерийские батареи, на аэродромах дежурили истребители, зенитные орудия противовоздушной обороны были готовы к немедленному открытию огня.