С ноября 1903 года – епископ Балахнинский, викарий Нижегородской епархии; настоятель Печерского Вознесенского монастыря. Через три года, в ноябре 1906 года, назначается епископом Михайловским, викарием Рязанской епархии.[350]
О характере этого человека может свидетельствовать хотя бы один случай, описанный в «Нижегородских Епархиальных Ведомостях» (№ 23, 1904 год):
«14 ноября сего года, в восьмом часу вечера, Преосвященному Исидору, Епископу Балахнинскому, проезжавшему из Печерского монастыря в дом для религиозно-нравственных чтений при Братстве Св. Бл. Кн. Георгия, на дороге, близ Печерских выселок, был нанесен рукою удар по голове крестьянином деревни Пошатова Меленковского уезда Родионом Коноваловым, шедшим в то время по дороге с двумя товарищами, бывшими, как и Коновалов, в нетрезвом состоянии. Его Преосвященство, не зная виновного, пожелал выяснить его личность и причины, побудившие совершить сей поступок. При дознании, произведенном Нижегородским Уездным Исправником, крестьянин Коновалов показал, что вечером 14 ноября он был в состоянии нетрезвости, что признаёт себя виновным в нанесении удара лицу, проезжавшему в то время на лошади, в котором он узнал Преосвященного уже после нанесения удара, что в своем поступке он глубоко раскаивается и слезно испрашивает у Преосвященного прощения. 16 ноября крестьянин Коновалов был представлен Преосвященному, он умолял его о прощении и был прощен Преосвященным. Не довольствуясь этим, крестьянин Коновалов и два его товарища обратились к Его Преосвященству с прошением, озаглавив его «Душевное раскаяние», в коем прописали: «Вина наша перед Богом и Тобою, Владыко, велика, со злосчастного вечера мы, мучимые совестию, ни днем, ни ночью не знаем себе покоя. Как искупить нам грех свой? Воздерживаясь от разгула, будем верными сынами Церкви Бога нашего и не престанем молиться о Твоем, Владыко, здравии и благоденствии. Со слезами, на коленях просим Твоего прощения». На сем прошении Его Преосвященство изволил дать такую резолюцию: «Бог да простит просителей. Мне желательно освободить их от наказания»…»
«14 ноября сего года, в восьмом часу вечера, Преосвященному Исидору, Епископу Балахнинскому, проезжавшему из Печерского монастыря в дом для религиозно-нравственных чтений при Братстве Св. Бл. Кн. Георгия, на дороге, близ Печерских выселок, был нанесен рукою удар по голове крестьянином деревни Пошатова Меленковского уезда Родионом Коноваловым, шедшим в то время по дороге с двумя товарищами, бывшими, как и Коновалов, в нетрезвом состоянии. Его Преосвященство, не зная виновного, пожелал выяснить его личность и причины, побудившие совершить сей поступок. При дознании, произведенном Нижегородским Уездным Исправником, крестьянин Коновалов показал, что вечером 14 ноября он был в состоянии нетрезвости, что признаёт себя виновным в нанесении удара лицу, проезжавшему в то время на лошади, в котором он узнал Преосвященного уже после нанесения удара, что в своем поступке он глубоко раскаивается и слезно испрашивает у Преосвященного прощения. 16 ноября крестьянин Коновалов был представлен Преосвященному, он умолял его о прощении и был прощен Преосвященным. Не довольствуясь этим, крестьянин Коновалов и два его товарища обратились к Его Преосвященству с прошением, озаглавив его «Душевное раскаяние», в коем прописали: «Вина наша перед Богом и Тобою, Владыко, велика, со злосчастного вечера мы, мучимые совестию, ни днем, ни ночью не знаем себе покоя. Как искупить нам грех свой? Воздерживаясь от разгула, будем верными сынами Церкви Бога нашего и не престанем молиться о Твоем, Владыко, здравии и благоденствии. Со слезами, на коленях просим Твоего прощения». На сем прошении Его Преосвященство изволил дать такую резолюцию: «Бог да простит просителей. Мне желательно освободить их от наказания»…»