С мая 1911 года Исидор был лишён кафедры епископа Михайловского, после чего проживал на покое в Валаамском Спасо-Преображенском монастыре. В декабре того же года назначен управляющим Омским Покровским монастырём.
В июне 1913 года Исидора освободили от управления монастырём с назначением местопребывания в Александро-Невском Филейском монастыре Вятской епархии; затем был переведён в Трифоновский Успенский монастырь той же епархии. Через три года, после серьёзного скандала, священника направили в Вологодскую епархию, откуда, благодаря заступничеству митрополита Петроградского Питирима (Окнова) он был вызволен и назначен управляющим на правах настоятеля Тюменского Свято-Троицкого монастыря. Именно там судьба свела Исидора с Григорием Распутиным, который вскоре познакомил епископа с императрицей Александрой Фёдоровной, а через неё – и с императором Николаем II.
Из письма Александры Фёдоровны супругу:
«Провела чудный вечер с нашим другом и с Исидором… Он несравненно выше митрополита [Питирима] по духу, с Гр[игорием] один продолжает то, что начинает другой, – этот епископ держится с Гр[игорием] с большим почтением. Царило мирное настроение… – это была чудная беседа!»
«Провела чудный вечер с нашим другом и с Исидором… Он несравненно выше митрополита [Питирима] по духу, с Гр[игорием] один продолжает то, что начинает другой, – этот епископ держится с Гр[игорием] с большим почтением. Царило мирное настроение… – это была чудная беседа!»
В последние месяцы жизни Распутина епископ Исидор становится его ближайшим другом, и, по сведениям охранного отделения, в этот период они встречались 56 раз[351]. Тогда же предполагалось назначение епископа Исидора викарием Новгородской епархии. Однако в ночь с 16 на 17 декабря 1916 года Распутин был убит…
8 марта 1917 года епископ Исидор был перемещён в Свияжский монастырь Казанской епархии. Далее с июня 1917 года по день ареста, 6 сентября 1918 года, он проживал в Вятке,
6 августа епископ Исидор вместе с иеромонахом Флавианом по обвинению в антисоветской деятельности был арестован Уральской областной чрезвычайной комиссией.
И это несмотря на то что в Вятке Исидор занимался благотворительной деятельностью. Прошение Вятского братства попечения о слепых, ходатайствовавшего за его освобождение, подтверждает это:
«Мы свидетельствуем, что епископ Исидор с утра до вечера бескорыстно трудился для детей вятского пролетариата, устроил для них приют. Для нас, слепых, со сборами и хлопотами было куплено место с шестью домами, на доходы с которых мы и живем теперь. Перед праздником Пасхи он по подписному листу собрал на содержание нашего общества около двух тысяч рублей, кроме того, выхлопотал у советской власти три тысячи рублей на наше содержание. Глубоко благодарны епископу Исидору за его труды и заботы о бедных и слепых…»[352]