За эти годы он занимал ряд престижных должностей, в том числе в Италии, где он заявил, что «черные рубашки» Муссолини «элегантны и хорошо выглядят… и привносят в свое окружение атмосферу неповторимости и важности». Мнение Лонга о Гитлере было неоднозначным, хотя он считал «Майн кампф» «красноречивым обличением евреев как агентов коммунизма и хаоса». Зимой 1943 года, когда коллеги из казначейства жаловались, что Лонг затрудняет въезд в Соединенные Штаты для иммигрантов, в частности еврейских, Моргентау выступил против него. Лонг категорически отвергал обвинения и настаивал на том, что он не антисемит. Учитывая времена и воспитание Лонга, он, вероятно, считал, что говорит правду. В тот же день Моргентау прочитал лекцию помощнику секретаря; затем на выходных он составил отчет, в котором обвинял Лонга в частности и Государственный департамент в целом в «умышленных попытках воспрепятствовать принятию мер по спасению евреев от Гитлера».

Рузвельт, который находился под давлением со стороны групп активистов и помнил о голосах евреев, 22 января, через шесть дней после получения копии отчета Моргентау, создал Совет по делам беженцев.

Во время выступления по радио в марте 1944 года Рузвельт впервые прямо упомянул о холокосте. «Никто из участников этих актов жестокости не останется безнаказанным, – сказал он. – Все, кто сознательно принимал участие в отправке евреев на смерть в Польше или норвежцев и французов в Германии, виновны так же, как и сам палач. Гитлер совершает эти преступления от имени немецкого народа». Речь не получила одобрения в военном ведомстве. По мнению военного министра Генри Стимсона, помощника военного министра Джона Макклоя, Дуайта Эйзенхауэра и большинства командиров боевых подразделений, самым эффективным способом спасения жизней было отбросить другие приоритеты и отправлять максимально возможное количество людей и техники на войну, пока Германия и Япония не будут повержены.

Когда Моргентау попросил Макклоя удостовериться, что американские командиры получили копию приказа Рузвельта о предоставлении убежища, тот выполнил просьбу, но был настроен весьма скептически. «Мы втягиваем в это армию в разгар войны», – сказал он Моргентау. Макклой родился в бедной семье Филадельфии и был вундеркиндом. Выпускник Амхерста и Гарвардской школы права, как и Стимсон, он служил во Франции во время Первой мировой войны, а в 1940 году оставил прибыльную юридическую практику в Нью-Йорке, чтобы стать помощником Стимсона в военном министерстве. Разногласия Моргентау и Макклоя по поводу ценности Совета по делам беженцев предвосхитили один из самых ожесточенных споров за всю войну: что делать с побежденной Германией. Макклой и Стимсон выступали за мягкий мир, Моргентау – за жесткий, и его аргументы основывались на положениях «Военного правительства в Германии» – армейского справочника, с которым он ознакомился во время визита в Англию и Францию летом 1944 года. В справочнике отмечалось, что при входе в Германию «главной и непосредственной» задачей американского солдата будет обеспечение «эффективной работы» страны. В брошюре почти не упоминались военные преступления Германии. Моргентау посчитал, что этот вопрос не приоритетный. Позже, во время беседы с Эйзенхауэром, Моргентау с облегчением услышал, что Верховный главнокомандующий, имевший немецкие корни, занял жесткую позицию в отношении переустройства Германии. Но когда во время визита в Лондон он спросил американского посла в Великобритании Джона Уайнанта о планах Рузвельта в отношении послевоенной Германии, тот ответил, что не имеет о них ни малейшего понятия. Как и все остальные.