Война нанесла значительный ущерб отношениям Черчилля и Рузвельта, и ко Второй Квебекской конференции этот разлад проявился. Однажды во время разговора о финансировании по ленд-лизу Рузвельт почему-то решил унизить Черчилля и менял тему каждый раз, когда тот поднимал вопрос о ленд-лизе. Наконец, глубоко задетый премьер-министр сказал: «Что вы хотите, чтобы я сделал? Мне что, встать на зад-ние лапы, как Фала [собака Рузвельта]?»

Во вторник утром, так и не сумев связаться с президентом, Моргентау попросил своего соперника Гарри Гопкинса позвонить Рузвельту от его имени. Президент ответил на звонок, но отклонил просьбу Моргентау сделать заявление, сказав, что не примет окончательного решения по плану для послевоенной Германии, пока не проконсультируется со своими военными министрами, госсекретарем и казначейством. Несколько дней спустя, беседуя с Рузвельтом, Стимсон сказал, что Моргентау слил отчет в прессу, и в качестве доказательства процитировал недавнюю колонку Дрю Пирсона, в которой хвалили Моргентау и критиковали Стимсона и Халла.

Стремясь положить конец запутанному делу до того, как оно превратилось в стратегическую проблему, Рузвельт заявил прессе, что его план в отношении Германии был неправильно понят. Он не собирался заставлять весь немецкий народ влачить жалкое существование. Это был отвлекающий маневр. Его настоящей целью была помощь Великобритании. Без притока новых клиентов промышленные и финансовые центры могли обанкротиться и погубить всю страну. Обмен мнениями между Стимсоном и Рузвельтом 3 октября был похож на официальное завершение дебатов по докладу Моргентау. Стимсон жаловался, что многих драматических событий и критики последних нескольких недель можно было избежать, если бы министр финансов предоставил ему и Макклою раннюю версию «Военного правительства в Германии». Когда Стимсон закончил, Рузвельт улыбнулся и сказал: «Генри Моргентау сел в лужу».

Бешлосс, автор наиболее исчерпывающего отчета о дебатах по поводу послевоенной Германии, говорит, что не стоило требовать от кого-то вроде Моргентау, чтобы он бил тревогу, сообщая о позорных усилиях Госдепартамента остановить спасение еврейских беженцев. Если бы Рузвельт был в большей степени осведомлен о проблеме и настаивал на том, чтобы его высокопоставленные чиновники разделяли его ценности, многих жертв Гитлера можно было бы спасти. Но, добавляет Бешлосс, нельзя позволять этим недостаткам «заслонять собой мудрое руководство Рузвельта». Президент «рисковал своей карьерой», проводя кампании за боеготовность и помощь Великобритании в 1939 и 1940 годах. Если бы он был более кротким или менее дальновидным, Германия могла бы выиграть Вторую мировую войну.