22 января 1863 года на территории Царства Польского, Литвы, Белоруссии и Правобережной Украины началось новое восстание, в котором кроме поляков участвовало много белорусов и литовцев. Однако к маю 1864 года восстание было подавлено русскими войсками. За причастность к восстанию казнили 128 человек, 12 500 было выслано в другие местности, а около 800 отправлено на каторгу.

Однако восстание ускорило проведение крестьянской реформы в затронутых им регионах, которая прошла на более выгодных условиях для крестьян, чем в остальной России. Начались русификация Польши и развитие начальной школы в Литве и Белоруссии в надежде, что просвещение крестьянства в русском православном духе повлечёт за собой политико-культурную переориентацию населения.

Чтобы уменьшить влияние католической церкви в Польше, после восстания царское правительство приняло решение о переводе в православие принадлежащих к Украинской греко-католической церкви украинцев Холмщины, которое в ряде мест встречало сопротивление, но жёстко подавлялось российской армией. Так, в селе Пратулин погибло 13 человек, которые католической церковью были канонизированы как мученики.

Император одобрил тайный циркуляр о приостановлении печатания на украинском языке религиозной и учебной литературы, затем было ограничено использования и преподавания украинского языка в Российской империи. Восстание поляков не получило значительной поддержки литовцев и латышей, поэтому этнокультурному развитию этих народов было оказано покровительство.

С побережья Чёрного моря с 1863 по 1867 год было проведено выселение в Османскую империю части северокавказских племен (черкесских), числом несколько сот тысяч человек.

Также с 1859 по 1889 год произошли существенные изменения в отношении черты оседлости евреев, значительная часть которых получила право беспрепятственно расселяться по территории России. Право свободного расселения получили купцы, ремесленники, врачи, юристы, выпускники университетов, их семьи и обслуживающий персонал, а также «лица свободных профессий».

В конце царствования Александра II министром внутренних дел Лорис-Меликовым, министром финансов Абазой и военным министром Милютиным был составлен конституционный проект создания расширенного Государственного совета и «Общей комиссии» (съезда) с возможным участием представителей от земств «по назначению» правительства.

Речь шла о возможном ограничении самодержавной власти в пользу органов с ограниченным и чисто совещательным представительством. Император незадолго до смерти утвердил этот план, который 4 марта 1881 года должен был обсуждаться на Совете министров и вступить в силу. Но он был убит, поэтому обсуждение проекта реформы самодержавия состоялись уже при Александре III – 8 марта, где подавляющее большинство министров высказалось за, но император принял точку зрения графа Строганова и Победоносцева. Поэтому им был издан специальный Манифест о незыблемости самодержавия, проект которого подготовил Победоносцев.