«Вчера вечером скончался Ф. М. Достоевский. Мне был он близкий приятель, и грустно, что нет его. Но смерть его – большая потеря и для России. В среде литераторов он, – едва ли не один, – был горячим проповедником основных начал веры, народности, любви к Отечеству. Несчастное наше юношество, блуждающее, как овцы без пастыря, к нему питало доверие, и действие его было весьма велико и благодетельно. <…> Он был беден и ничего не оставил, кроме книг. Семейство его в нужде. Сейчас пишу к графу Лорис-Меликову и прошу доложить, не соизволит ли государь император принять участие».

«Вчера вечером скончался Ф. М. Достоевский. Мне был он близкий приятель, и грустно, что нет его. Но смерть его – большая потеря и для России. В среде литераторов он, – едва ли не один, – был горячим проповедником основных начал веры, народности, любви к Отечеству. Несчастное наше юношество, блуждающее, как овцы без пастыря, к нему питало доверие, и действие его было весьма велико и благодетельно. <…> Он был беден и ничего не оставил, кроме книг. Семейство его в нужде. Сейчас пишу к графу Лорис-Меликову и прошу доложить, не соизволит ли государь император принять участие».

В ночь с 8 на 9 марта 1901 года на Победоносцева было совершено покушение. Сын титулярного советника статистик Самарского губернского земства Лаговский стрелял в его домашний кабинет, но пули попали в потолок. Злоумышленник был схвачен и 27 марта осуждён на 6 лет каторжных работ.

В 1905 году стал автором всеобъемлющей программы «подготовительных трудов» к предстоящему Собору Русской церкви, которую он представил Св. Синоду 28 июня 1905 года. Последним важным актом в его служебной деятельности было руководство занятиями комиссии, которая готовила редакцию манифеста, извещающего народ об учреждении I Государственной думы.

Однако после издания Октябрьского манифеста, который он не принял, он был уволен с должности обер-прокурора Синода и члена Комитета министров с оставлением в должностях члена Госсовета, статс-секретаря и сенатора.

До конца своих дней он сохранил остроту ума, блестящую память и эрудицию, но лишился политической гибкости, а его настойчивость и красноречие превратились в упрямство. Он считал, что счастлив и могуч будет тот народ, у которого «вера и привычки к повиновению будут сильнее, чем у других».

После его ухода свита царя изменилась, и не в лучшую сторону. Окружение в основном подбиралось люди не по деловым качествам, а по юношеским симпатиям Николая II, который не терпел сильных личностей. Поэтому в результате серьезных разногласий и конфликтов его покинули и другие выдающиеся личности – Витте и Столыпин.