За эти заслуги в 1896 год Зубатов стал надворным советником. Его сближение с царской семьей произошло в 1889 году, когда он разработал программу борьбы с российским революционным движением, которую одобрили и поддержали московский генерал-губернатор великий князь Сергей Александрович и обер-полицеймейстер Москвы Трепов. Революционеры расценили программу Зубатова как «полицейским социализмом» и назвали «зубатовщиной».

Его основная идея заключалась в создании во всех городах страны рабочих организаций, которые контролировались полицией. Зубатов считал, что революционеры и их организации представляют опасность лишь тогда, когда соединяются с массовым рабочим движением. Стоит улучшить положение рабочих и устранить конфликты с предпринимателями, как связь рабочих с революционерами будет разрушена.

Для этого он предложил организовать союзы рабочих, лидеры которых будут представлять их интересы перед работодателями, а также систему взаимопомощи рабочим и внедрить агентов охранки в эти союзы для выявления революционных агитаторов. В 1901 году по инициативе Зубатова в Москве и в других городах возникли общества помощи рабочим.

Зубатов помог организовать Еврейскую независимую рабочую партию, которая провела свой первый легальный съезд в Минске для отвлечения рабочих от политической борьбы. Программа Зубатова стала основой полицейской реформы, которую проводил государственный деятель В. К. Плеве. В 1902 году Зубатов был одним из организаторов манифестации рабочих в честь 41-й годовщины отмены крепостного права.

После этого он был назначен заведующим Особым отделом департамента полиции и создал Собрание русских фабрично-заводских рабочих Санкт-Петербурга. Однако рабочие организации часто конфликтовали с работодателями, отчего возникали волнения и беспорядки. В связи с этим министр финансов Витте и великий князь Александр Михайлович выразили протест в адрес Зубатова, и в 1903 году он был отправлен в отставку. Вероятно, повод к отставке был в другом.

Зубатов разгласил государственную тайну, сообщив председателю Одесского союза машиностроительных рабочих Шаевичу, что Николай II сказал Плеве: богатого еврейства не распускать, а давать жить бедноте. Поэтому сначала Зубатову запретили жить в Москве и Санкт-Петербурге, но через год эти ограничения были сняты. В 1904 году новый министр внутренних дел Святополк-Мирский вновь пригласил его на службу в полицию, но получил отказ. Сначала Зубатов жил во Владимире, но в 1910 году вернулся в Москву.

До последних дней он остался верен идее сохранения неограниченной монархии. Его статьи публиковались в верноподданническом журнале «Гражданин». Когда Зубатов узнал об отречении Николая II от престола и об отказе великого князя Михаила Александровича принять власть, он застрелился.