В июне 1903 г. Лопухин, продолжая реорганизацию тайной полиции, повысил статус начальников розыскных пунктов и преобразовал последние в полноценные охранные отделения, численность которых за последние годы существования Российской империи достигла 75 и которые через Особый отдел подчинялись непосредственно Лопухину. На сей раз в его директиве начальникам местных отделений предписывалось уделить «особое внимание тому, чтобы [агенты] не участвовали в политических преступлениях»; к тому же он определил более четкий порядок проведения обысков, арестов и дознания, с тем чтобы выявлять и противозаконную деятельность революционеров, и опасную, но легальную агитацию, которую вели либералы.

В сентябре того же года в служебной записке одного из подчиненных Лопухина в секретариате Департамента полиции, М.Г. Труткова, говорилось о необходимости срочно создать разветвленную сеть охранных отделений для борьбы с беспорядками, поскольку действующие секретные агенты охранки не справляются со своей задачей. Признавая, что агентам полиции гораздо труднее обезвреживать умело работающих, не выходящих за рамки закона агитаторов, чем явных преступников, какими являются террористы, Трутков осудил повсеместные повальные аресты предыдущего года, в результате которых власти предстали в невыгодном свете, а переполненные тюрьмы фактически превратились в штабы и вербовочные пункты бунтовщиков. Передача новых подразделений в непосредственное подчинение Особому отделу, писал Трутков, обеспечивает более эффективное руководство в лице «вполне интеллигентного человека». После реорганизации прошло всего три месяца, а улучшение методов и результатов работы, утверждал он, уже налицо.

В тот период высокий, судя по всему, уровень образования среди сотрудников Особого отдела служил для руководителей охранки предметом гордости, отчасти, вероятно, потому, что это делало их достойными противниками либералов. В 1917 г. жандармский офицер полиции М.С. Комиссаров, давая показания Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства, высказался в том же духе, что и Трутков. В большинстве «интеллигентные люди, все… с университетским и юридическим образованием», подчеркивал он, придавали Особому отделу «необычный, своеобразный характер».

В 1904 и 1905 гг. на глазах у высокообразованных сотрудников Особого отдела либералы развернули широкую кампанию за сплочение всех слоев российского общества вокруг своей ясной и четкой программы: свободные выборы в Учредительное собрание и установление конституционной формы правления западного образца на основе уважения закона, всеобщее избирательное право, свобода совести и собраний, свобода печати. Начало было положено либералами, которые в 1902 г. основали «Союз освобождения», выступавший также за улучшение условий жизни рабочих и их семей.