За три дня в Белостоке были убиты 84 (73 еврея и 11 христиан, в их числе те, кого по ошибке приняли за евреев), ранены 105 человек. Солдаты и полиция принимали деятельное участие в погроме. Установлены случаи, когда арестованных убивали непосредственно в полицейских участках. Депутаты I Государственной думы внесли запрос о белостокских событиях. Кадеты намеревались подвергнуть должностных лиц столь же тщательному допросу, как во время обсуждения запроса о тайной типографии Департамента полиции. Представители правительства проявили своеобразный юмор, попросив поставить обсуждение на 9 июля 1906 г. В этот день был опубликован императорский указ о роспуске Думы.

Пристальное внимание общественности привлекли процессы по погромным делам. Опасаясь скандальных разоблачений, Министерство юстиции организовало закрытый суд над участниками кишиневского погрома 1903 г. Процесс над гомельскими погромщиками был открытым, но судебные власти проявили такое откровенное пристрастие, что поверенные гражданских истцов вынуждены были покинуть заседания. После октября 1905 г. состоялось как минимум 206 процессов по погромным делам, 1860 человек были осуждены на различные сроки наказания — от 3 недель содержания при полицейском участке до 11 лет каторжных работ. По ходу процессов, тянувшихся вплоть до начала Первой мировой войны, защиту погромщиков взяли на себя черносотенные союзы. Их представители участвовали в судах и готовили прошения о помиловании, в которых обычно подчеркивалось, что преступления были совершены вследствие «обострения религиозной и экономической вражды к евреям», чье поведение «явно нарушало священный долг любви к Отечеству и повиновения начальству».

Министр юстиции И.Г. Щегловитов незамедлительно представлял всеподданнейшие доклады о помиловании, которые почти всегда утверждались царем. В результате полностью отбыли наказание не более четверти осужденных, но и они были восстановлены в гражданских правах. Некоторые случаи помилования вызвали возмущение среди противников царского режима. На судебном процессе в Орше выяснилось, что полицейский служащий Т.Х. Синицкий являлся главным организатором и «душой погрома». Он был приговорен к тюремному заключению. «Первое время после оглашения приговора подсудимые, не исключая и Синицкого, растерялись. Затем Синицкий, обращаясь к скамьям подсудимых, сказал: «Товарищи, не падайте духом. У нас есть еще куда обратиться, слава Богу. Приговор не будет приведен в исполнение». Действительно, погромщики не отбыли ни одного дня наказания.