Необходимостью действовать с оглядкой на царскую резиденцию объясняется крайняя осторожность, которую проявил граф Витте в истории с погромными прокламациями, подготовленными на Фонтанке, 16. Премьер-министр узнал об этом в январе 1906 г. от бывшего директора Департамента полиции А.А. Лопухина и попросил собрать дополнительные сведения. Через несколько дней, вспоминал Лопухин, «мне удалось установить, что после издания Манифеста 17 октября 1905 г. в помещении Департамента полиции была поставлена ручная ротационная типографская машина, на которой и печатались погромные воззвания. Учреждена эта типография была по распоряжению в то время вице-директора департамента Рачковского и находилась в заведовании жандармского ротмистра Комиссарова, при котором состояло 2 печатника».

Типография действовала с декабря 1905 по февраль 1906 г. и успела выпустить по меньшей мере три прокламации. По своему содержанию они не были направлены исключительно против евреев, хотя в них имелся обычный набор антисемитских высказываний. Так, в воззвании к солдатам говорилось: «…вот теперь жиды и хотят нашу матушку-Русь сделать уже царством не русским, а еврейским, или сионистским». По свидетельству А.А. Лопухина, ротмистр Комиссаров хвалился: «Погром устроить можно какой угодно: хотите на 10 человек, а хотите на 10 тысяч».

Сам Комиссаров изображал всю историю как интригу товарища министра внутренних дел князя С.Д. Урусова, его шурина Лопухина и заведующего Особым отделом Департамента полиции Макарова против министра П.Н. Дурново, который, кстати говоря, был совершенно непричастен к затее с типографией. Макаров якобы распорядился установить станок, написал воззвание к солдатам, а потом вся троица разоблачила погромную типографию. Комиссаров утверждал, что ему цинично разъяснили: «Видите ли, у нас игра, но в игре и маленькая пичка (уменьшительное от пики) подчас пригодится». Эта версия выглядит весьма сомнительно, хотя граф Витте был склонен видеть во всем эпизоде обычную министерскую склоку.

Лопухин советовал премьер-министру внезапно нагрянуть на Фонтанку и застать печатников на месте преступления. Граф Витте предпочел другой путь. Он вызвал жандармского ротмистра и приказал немедленно уничтожить станок. «При первом докладе я дело рассказал его величеству, — вспоминал граф Витте, — государь молчал, и, по-видимому, все то, что я ему докладывал, ему уже было известно. В заключение я просил государя не наказывать Комиссарова, на что его величество мне заметил, что он во всяком случае его не наказал бы ввиду заслуг Комиссарова по тайному добыванию военных документов во время японской войны».