Осенью обстановка в городе с каждым днем становилась все более напряженной. По словам полицмейстера А.Д. фон Гебсберга, 16 октября «среди евреев разнесся слух, что в Петербурге и Москве идет на улице побоище и не хватает перевязочных средств, в университете были ранены 4 городовых и 1 жандарм. В свою очередь полиция арестовала 214 человек — из этих 197 евреев».

18 октября пришло сообщение о манифесте. Нейдгардт приказал снять с постов 853 городовых и оставил город во власти отрядов самообороны из студенческой и еврейской молодежи. Зато на следующий день, когда начались «патриотические» манифестации, полицейские в штатском вновь показались на улицах. Сенатор A.M. Кузминский, расследовавший погромные преступления в Одессе, отмечал, что городовые стреляли в воздух, а затем показывали солдатам на дома, где якобы засела самооборона. «Многие околоточные надзиратели, — говорилось в его докладе, — действовали заодно с городовыми и зачастую предводительствовали толпами хулиганов». Командующий военным округом барон Каульбарс заявил представителям гражданской администрации о недопустимости участия полиции в беспорядках, но тут же заметил: «Все мы в душе сочувствуем погрому». Градоначальник Нейдгардт, к которому обратилась за помощью еврейская делегация, ответил еще циничнее: «Вы хотели свободы, вот вам жидовская свобода».

Одесская полиция не являлась исключением. В местечке Орша Могилевской губернии околоточный надзиратель Раковский шел впереди толпы громил. Тайная полиция была косвенным образом причастна к гибели двух отрядов еврейской самообороны. Начальник Могилевского губернского жандармского управления Поляков засвидетельствовал: «Жандармы из мест отправления самообороны телеграфировали в Оршу: “Прослушав о еврейском погроме в Орше, к вам собираются ехать местные члены самообороны”». На железнодорожной станции отряды самообороны поджидали полиция и погромщики со словами: «Вот сейчас с этим поездом демократы едут, мы им дадим». Оба отряда были уничтожены. По словам свидетелей, «людей убивали как скотов». Погибли 24 человека.

Самые кровопролитные побоища произошли в первые 3–4 дня после манифеста, затем угли конфликта догорали примерно 2 недели в отдаленных селах и деревнях. После начального замешательства власти пришли в себя. Однако в большинстве случаев это произошло, когда погромы уже начали затихать. Лишь немногие администраторы проявили решительность в разгар волнений. Среди них был саратовский губернатор П.А. Столыпин, который вернулся из отпуска во время погрома и тут же приказал войскам стрелять залпами по грабителям. Значительно реже проявляли инициативу полицейские чиновники. При этом противникам погромов приходилось сталкиваться с противодействием коллег. В 1903 г. в Гомеле уголовная полиция пыталась защитить еврейское население, тогда как жандармы играли роль подстрекателей. В 1905 г. в Ростове-на-Дону произошло обратное. Жандармское управление железной дороги вооружило отряд самообороны, а городская полиция сочувствовала погромщикам.