Нежелание искать виновных среди евреев приводило черносотенцев в ярость. 29 апреля фракция крайне правых III Государственной думы внесла запрос, в котором резко порицала действия судебных органов: «Вместо того чтобы выяснить вопрос об изуверской иудейской секте, членами которой совершено убийство, расследование теряет время в заподозревании матери Ющинского: не она ли замучила сына».

После этого министр юстиции И.Г. Щегловитов командировал в Киев вице-директора I уголовного департамента А.В. Лядова. Впоследствии Лядов утверждал, что не получил от Щегловитова никаких директив и подошел к делу без всякой предвзятости. В то же время он признавался, что «обстоятельства преступления уже тогда создали во мне личное убеждение… что Ющинский был убит евреями». По словам следователя Фененко, Лядов передал судейским чиновникам, что министр не сомневается в ритуальном характере убийства.

Вице-директор обратился за помощью к наместнику Печерской лавры Амвросию, который рассказал об особенностях ритуальных жертвоприношений: «Всех в таких случаях ран должно быть определенное число и в определенных частях тела: числом приблизительно сорок пять». По инициативе Лядова привлекли профессора психологии И.А. Сикорского. Отец знаменитого в будущем авиаконструктора был известен как специалист по изучению бредовых религиозных состояний народных масс. Не менее известными были антисемитские убеждения Сикорского, проявлявшиеся даже в его научных трудах. Он объяснил судебному следствию, что злодейские убийства христианских детей совершаются систематически и «должны быть объяснены расовым мщением». Профессор квалифицировал эти преступления как «вендетту сынов Иакова».

Помимо ритуальной экспертизы Лядов организовал встречу представителей официального следствия с сыщиками-добровольцами из молодежного черносотенного общества «Двуглавый орел». Секретарь этого общества студент университета B.C. Голубев был сыном профессора Киево-Могилянской духовной академии. Он чрезвычайно интересовался вопросом о ритуальных убийствах, считая, что их совершают хасиды — приверженцы мистического течения в иудаизме. Голубев обратил внимание на кирпичный завод, находившийся в нескольких сотнях шагов от пещеры. «Управляющим этой усадьбой с кирпичным заводом, — пояснял он, — состоит некий жид Мендель (прозвище), который после обнаружения трупа Ющинского держал себя несколько странно, раздавал ребятам конфеты и просил полиции ничего не говорить». Так во время следствия впервые прозвучало имя Менделя Бейлиса.

Но следствие пока еще обошло вниманием приказчика кирпичного завода. Следователь Фененко отнесся к Голубеву как к впечатлительному юноше, начитавшемуся романов о Нате Пинкертоне. 7 мая 1911 г. следователь вместе с понятыми осмотрел место происшествия. «В усадьбе Зайцева, — докладывал в столицу прокурор Чаплинский, — ничего подозрительного обнаружено не было, и никаких подвалов, о которых также упомянул Голубев, там не оказалось».