Парадоксально, что прокурор судебной палаты, человек с университетским образованием, защищал ритуальную версию от двух полицейских — Мищука и Красовского, исключенных из гимназии за неуспеваемость. Чаплинский не сразу оказался в рядах защитников средневекового предрассудка. Прокурор знал, что крайне правые обвиняли в убийстве «религиозных изуверов», но, как он показывал впоследствии, «у меня, однако, не укладывалось в голове, чтобы в XX веке в таком городе, как Киев, могло бы возникнуть такое дело». Возможно, он кривил душой перед следователями Временного правительства. Однако следует отметить, что первые шаги Чаплинского были направлены против черносотенной агитации. Он ходатайствовал о запрете панихиды по убитому, чтобы не возбуждать страсти в городе. В апреле 1912 г. прокурору судебной палаты серьезно досталось от лидеров крайне правой фракции III Государственной думы.

Постепенно Чаплинский проникся уверенностью в необычном характере преступления. Перелом в его сознании произошел, вероятно, не столько под влиянием экспертов или даже мнения министра юстиции, сколько под воздействием самой атмосферы расследования. Неудивительно, что еврейское население Киева было взбудоражено ритуальным обвинением, которое могло привести к повторению погрома 1905 г. Один из наиболее опытных детективов страны — начальник Московской сыскной полиции А.Ф. Кошко, направивший в Киев своего агента для сбора информации, так оценивал действия еврейской общины: «Быть может, вследствие паники, ими овладевшей и заставившей их выказать в этом деле усердие не в меру, они не только не рассеяли дела, но затемнили его множеством подробностей, десятками ненужных свидетелей, попытками подкупов и т. п.». Действительно, проверка недостоверных сведений Барщевского, Брейтмана и других надолго задержала следствие.

В отличие от московского детектива киевский прокурор увидел не судорожные действия «напуганных насмерть людей», а хладнокровный заговор против правосудия. Неправильные сведения, которые сообщили журналисты-евреи на первом этапе следствия, смерть главного свидетеля, подлог, совершенный начальником сыскной полиции, — все это, в его представлении, было взаимосвязано и дополняло друг друга. Совершенное евреем покушение на Столыпина 1 сентября 1911 г. в киевском городском театре подогрело антисемитские настроения. Во всяком случае, Чаплинский, который допрашивал Дмитрия Богрова сразу после покушения, получил лишний повод считать евреев врагами государственного порядка.

Прокурор Чаплинский не напрасно подозревал чинов судебного ведомства в контактах с представителями еврейской общины. Эти контакты осуществлялись через адвоката А.Д. Марголина, по инициативе которого видные деятели еврейского происхождения создали специальную комиссию для помощи Бейлису и его семье. В состав комиссии вошли несколько человек, в том числе главный раввин Ш.Я. Аронсон, владелец кирпичного завода М.И. Зайцев и сам Марголин. Сахарозаводчики Бродский, Гальперин и другие выделили денежные средства. В самой комиссии не было единства. Марголин вспоминал: «Мы не могли более сидеть сложа руки и спокойно смотреть, какие еще беззакония будут возведены на евреев киевскими черносотенцами и их покровителями в Петербурге». Но его призывы оставались тщетными, так как «комиссия была готова принять меры для защиты, но ни в коем случае не для наступления».