Арест Бейлиса усилил разногласия среди представителей судебного ведомства. Прокурор окружного суда Н.В. Брандорф доказывал своему шефу Чаплинскому, что следствие не располагает убедительными уликами против Бейлиса. Он набросал на листе бумаги все доводы, изложенные прокурором судебной палаты, в результате чего получился, с его точки зрения, бессвязный набор предположений и догадок. Но Чаплинский нашел, что на бумаге «вышло еще лучше».

Следователь Фененко также отказывался предъявить Бейлису официальное обвинение. Поэтому Чаплинскому пришлось дать следователю письменное распоряжение. 3 августа 1911 г. Фененко объявил Бейлису, что ему предъявлено обвинение в убийстве мальчика Андрея Ющинского. По воспоминаниям Бейлиса, судебный следователь сказал ему в своем кабинете: «Бейлис, вы должны понять, что вас обвиняю не я, а прокурор. Это он приказал заключить вас в тюрьму».

Прокурору судебной палаты пришлось также преодолевать сопротивление полиции. 25 августа начальник сыскной полиции Мищук сообщил, что обнаружены вещи убитого и орудия преступления. Участники следствия срочно выехали на окраину города, где им были продемонстрированы вещи, выкопанные из земли и доказывающие якобы виновность воров из шайки Веры Чеберяк. Экспертиза показала, что эти улики были сфабрикованы. В докладе министру юстиции Чаплинский заключил: «Мищук или поддался грубому обману со стороны кого-либо и не сумел распознать его вследствие своих малых способностей, или, что более вероятно, сам оборудовал весь этот эпизод в надежде ввести в заблуждение судебные власти и направить следствие на ложный путь». Сам Мищук, преданный за подлог суду, оправдывался тем, что стал жертвой мистификаций со стороны своего агента Кушнира, которого перекупил Красовский с целью окончательно скомпрометировать начальника сыскной полиции и занять его место.

Избавившись от конкурента, Красовский продолжил его линию. Надо отметить, что полицейский пристав неоднократно менял свою версию преступления. В начале следствия он подозревал родственников убитого. Затем он перенес внимание на завод Зайцева и в конце июля докладывал Фененко о результатах осмотра печи для обжига кирпича: «В этой печи, по моему мнению, скорее всего, и было совершено убийство Андрея». Но постепенно пристав начал искать преступников в окружении Веры Чеберяк.

Директору Департамента полиции С.П. Белецкому было передано конфиденциальное мнение прокурора судебной палаты, что «Красовский изменил свой образ действий под влиянием получения им денежной взятки от еврейской колонии». В сентябре 1911 г. Красовский был удален из Киева и через некоторое время по настоянию Чаплинского предан суду за незначительный служебный проступок.