Второй раз имя Менделя Бейлиса всплыло в связи с показаниями фонарщика Казимира Шаховского, утверждавшего, что утром того дня, когда исчез Ющинский, он беседовал с ним и его сверстником Женей Чеберяком около дома последнего, неподалеку от пещеры. На третьем допросе Шаховской припомнил важное обстоятельство.

Дня через три после беседы с мальчиками он встретил Женю Чеберяка и спросил, как тот погулял с приятелем. По словам Шаховского, мальчик ответил, что их спугнул на кирпичном заводе какой-то мужчина с черной бородой. Свидетель высказал предположение, что этим человеком мог быть приказчик завода Мендель Бейлис: «Думаю, что в убийстве этом принимал участие этот самый Мендель, а Женька Чеберяк просто заманил в эту усадьбу Андрюшу».

Поскольку следствие уже отчаялось найти преступников, эти показания были восприняты очень серьезно. С точки зрения закона не имелось оснований для заключения Менделя Бейлиса под стражу. Однако Чаплинский попросил начальника Киевской охранки подполковника Н.Н. Кулябко найти какой-нибудь предлог для задержания Бейлиса, и тот распорядился арестовать приказчика как неблагонадежного человека, подлежащего изоляции в связи с предстоявшим прибытием в Киев императора Николая II. В ночь на 22 июля 1911 г. жандармы произвели арест. С этого момента и началось, собственно, «дело Бейлиса».

II

Менахем-Мендель Тевелев Бейлис не подходил на роль религиозного фанатика. Пожалуй, его арест объяснялся тем, что он был единственным евреем, жившим вблизи пещеры. Бейлис служил приказчиком кирпичного завода, принадлежавшего семье сахарозаводчиков евреев Зайцевых. Он не был искушен в Талмуде и не выполнял элементарных обрядов, например работал в день субботний.

В своих воспоминаниях, написанных с помощью журналистов через несколько лет после процесса, Бейлис припомнил, что подполковник Кулябко велел ему написать все, что он знает об убийстве Ющинского. Когда приказчик отговорился незнанием, начальник охранки прикрикнул: «Это все? Чепуха. Если ты не скажешь правду, я тебя отправлю в Петропавловскую крепость». Бейлис твердил о своей невиновности, а веских доказательств у полиции не было. Фонарщик Шаховской частично отказался от своих показаний. Один из соседей сообщил следователю, что фонарщик оговорил Бейлиса из мести.

Единственным свидетелем, который мог пролить свет на исчезновение Андрея Ющинского, был его приятель Евгений Чеберяк. Семья Чеберяк имела плохую репутацию. Всеми семейными делами заправляла Вера Чеберяк, державшая под каблуком безвольного мужа-телеграфиста. Ее не только беспрекословно слушались дети (сын и две дочери), но и побаивалась вся округа. В квартире Чеберяк был воровской притон, куда свозили краденые вещи.