К 4 марта все эстонские земли были полностью оккупированы немцами. По условиям Брестского мира, РСФСР отказалась от своих прав на оккупированные Германией территории Прибалтики. Германские оккупационные власти не признали независимость Эстонии и установили в крае военно-оккупационный режим.
Осенью 1918 года в Германии началась революция, приведшая к свержению монархии.
11 ноября 1918 года между воюющими странами был подписан Компьенский мир, означавший окончание Первой мировой войны. В соответствии с условиями договора, Германия была обязана вывести войска со всех оккупированных земель.
После поражения Германии при содействии британских спецслужб само себя сформировало проантантовское Временное правительство Эстонии под председательством Константина Пятса. Пятс, арестованный германскими властями, почти пять месяцев провел в концентрационном лагере в Польше.
Это Временное правительство повторно провозгласило создание суверенного Эстонского государства.
19 ноября представители Германии подписали со Временным правительством договор о передаче последнему всей власти в стране. В свою очередь, Ревельский Совет рабочих депутатов обратился за поддержкой к правительству Советской России.
29 ноября 1918 года части советской 7-й армии, в том числе и красные эстонские полки, заняли Нарву. Немцы, отступая, взорвали за собой один из железнодорожных мостов, а малочисленные эстонские части не смогли далее удерживать город.
В боях за Нарву погибли около 80 солдат эстонских подразделений Красной Армии. В числе погибших был и Яан Сихвер – организатор и член Реввоенсовета красных эстонских полков и член ЦК эстонских секций РКП(б).
После взятия Нарвы была провозглашена Эстляндская трудовая коммуна, просуществовавшая 52 дня.
В ее состав вошли Яан Анвельт, Виктор Кингисепп, Эдуард Отто, Ханс Пегельман, Йоханнес Мяги и еще четыре человека.
Правительство РСФСР декретом от 7 декабря 1918 года признало независимость Эстляндской трудовой коммуны.
В это время советские войска возобновили наступление, и к январю 1919 года Красная Армия заняла 2/3 территории Эстонии.
Однако потом началось совместное контрнаступление вооруженных сил Эстонской республики и белогвардейцев под командованием генерала Н. Н. Юденича. На стороне Эстонии выступили также британский флот в Финском заливе и иностранные добровольцы из Швеции и Финляндии.