В результате контрнаступления 19 января была отбита Нарва, а в феврале части Эстляндской трудовой коммуны и Красной Армии были вытеснены за пределы губернии. Совет Коммуны еле успел спастись и 5 июня 1919 года объявил о самороспуске.
Профессиональный революционер Виктор Кингисепп был позднее арестован и приговорен к смертной казни. Его расстреляли в ночь на 4 мая 1922 года в лесу возле озера Юлемисте, а его труп был утоплен в Балтийском море.
Впоследствии несколько эстонских красных полков, ранее подчинявшихся Совету Эстляндской трудовой коммуны, сражались на фронтах Гражданской войны в России против армий Колчака и Юденича, а также против войск Эстонской республики, захвативших часть территории Петроградской губернии России.
Эстонская армия приняла участие и в боях на псковском направлении в мае 1919 года: 25 мая она овладела Псковом. Но наступление на Петроград окончилось для нее неудачей.
Важным событием 1919 года в истории борьбы за независимость стала победа эстонской армии под командованием генерал-майора Эрнеста Пыддера под латвийским городом Цесис (эстонское название – Вынну) в походе эстонской армии на Ригу 20 июня – 3 июля 1919 года. Итог похода – восстановление правительства Латвии во главе с Карлисом Улманисом (подробнее об этом было рассказано выше).
2 февраля 1920 года между РСФСР и Эстонской республикой был заключен мирный договор, которым обе стороны официально признали друг друга. Это был первый международный договор между двумя государствами. По сути, Эстония освободилась от всех обязательств перед Россией, а Россия обязалась вернуть эвакуированное из Эстонии имущество. Эстония также получила 15 млн золотых рублей из золотого запаса России.
* * *
15 июня 1920 года Учредительное собрание одобрило проект первой конституции Эстонской республики. В государстве был введен формальный принцип разделения властей, однако в реальности правительство было подчинено парламенту, который также назначал и судей. В сочетании с сильными инструментами прямого народного волеизъявления в виде референдумов это привело к дисбалансу и крайней нестабильности – в результате, с 1920 по 1934 гг. в стране сменилось 23 правительства.
22 сентября 1921 года Эстония стала членом Лиги Наций.
1 декабря 1924 года эстонскими коммунистами при поддержке и содействии СССР была предпринята попытка вооруженного захвата власти, которая провалилась из-за пассивности рабочих и поддержки правительства армией.