Первоначально армия намеревалась оборонять город. Гарнизон был усилен. Солдаты рыли траншеи, прокладывали линии связи, пытались укрепить городскую стену, оборудовали пулеметные гнезда. Ворота были забаррикадированы, пропускали только военный транспорт. Но знающие люди предчувствовали, что город будет сдан, и спешили покинуть Нанкин. Сокровища дворцового музея — практически все культурное наследие Китая — были упакованы и погружены на судно. Глава государства Чан Кайши, его жена и советники покинули город на самолете. Сомнений не оставалось — Нанкин сдадут.

Японцы обладали абсолютным превосходством в воздухе. Во время боев за Шанхай соотношение было один к десяти в пользу японцев. Нанкин вообще остался без авиации, последние самолеты улетели вместе с Чан Кайши. Правительство прихватило с собой и современные средства связи, и китайские войска не могли наладить связь между собой.

В Нанкине были собраны части, сформированные в разных районах Китая, где говорят на различных диалектах, и они элементарно не понимали друг друга. Большинство солдат были мобилизованы в армию насильно и не горели желанием сражаться. Боевая слаженность отсутствовала. Японцам было легко бить многочисленную китайскую армию по частям.

Чан Кайши телеграфировал командующему обороной города:

«Если вы не в состоянии удержать город, можете использовать ситуацию и отойти, чтобы сохранить и переформировать войска для будущей контратаки».

12 декабря, в три часа утра, когда еще не рассвело, командующий обороной города устроил военный совет в своем доме. Он сказал, что фронт развалился, удержать городские ворота невозможно и Чан Кайши приказывает отступить. Ни один из генералов не предложил сражаться до последнего.

Организованный отход превратился в бегство. Солдаты бросали оружие, переодевались в гражданскую одежду, пытались убежать. Но бежать было некуда. Переплыть Янцзы никто не мог. Сотни тысяч китайских солдат оказались в руках японцев.

Если бы Чан Кайши не приказал в последнюю минуту отступить и китайские солдаты сражались бы за город, жертв среди гражданского населения, скорее всего, было бы меньше. Конечно, японская армия, лучше вооруженная и обученная, в конце концов одолела бы обороняющихся. Но долгая и упорная борьба, во-первых, обескровила бы японскую армию, во-вторых, сбила бы с нее спесь. Японцы побоялись бы вести себя так нагло с китайцами, опасаясь мести. А с теми, кто сдался практически без сопротивления, они не церемонились.

Судьба Нанкина решилась, когда генерал-полковника Иванэ Мацуи свалило обострение его давней болезни — туберкулеза. Генерал Мацуи отдал приказ по войскам, в котором говорилось, что вступление императорской армии в столицу чужого государства — историческое событие и следует вести себя достойно, соблюдать порядок и уважать местное население. Но заболевшего генерала на посту командующего сменил член императорской семьи — принц Ясухико Асака.