Такая реорганизация была направлена на усиление идеологической работы, являлась поиском новой формы руководства партийно-политической работой в условиях единоначалия. Однако органы политпропаганды просуществовали только год.

Отношение к введению в Красной Армии в июле 1941 г. института военных комиссаров и в то время, и сейчас не было однозначным, и современники, и нынешние историки по-разному оценивают такое решение советского руководства. Некоторые из них считают, что это была попытка установления военного контроля комиссаров над командирами. Однако анализ документов и событий того времени показывает, что военные комиссары вводились не в качестве кнута над командирами, а прежде всего для оказания им помощи в руководстве войсками.

Введение военных комиссаров было хотя и вынужденной, но своевременной мерой, направленной на укрепление морального духа войск, наведение порядка и дисциплины, повышение стойкости и упорства войск в ходе тяжелейших оборонительных боев начального периода войны. Политработники теперь не могли ограничиваться только пропагандой, агитацией и организацией политико-воспитательной работы. Они вместе с командирами несли полную ответственность за все стороны жизни и боевой деятельности войск, прежде всего за политико-моральное состояние и боевую выучку личного состава, результаты боевых действий, организованность и порядок в части, подразделении.

Военному комиссару принадлежала особая роль в укреплении воинской дисциплины. Он, как и командир, являлся представителем партии и правительства в Красной Армии. От военных комиссаров требовалось «…железной рукой насаждать революционный порядок, дисциплину и беспощадно карать паникеров, трусов, пораженцев, дезертиров и всех, самовольно оставляющих позиции без приказов высшего командования».

Великая Отечественная война с немецкими захватчиками закалила наши командные кадры, выдвинула огромный слой новых талантливых командиров, испытанных в боях и до конца верных своему воинскому долгу и командирской чести. В суровых боях с врагом командиры Красной Армии доказали преданность своей родине, приобрели значительный опыт ведения современной войны, выросли и окрепли в военном и политическом отношении. С другой стороны, военные комиссары и политработники повысили свои военные знания, часть из них уже была переведена на командные должности и успешно руководила войсками, многие же другие могли быть использованы на командных должностях либо немедленно, либо после известной военной подготовки.

Исходя из сложившейся обстановки, 4 октября 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об установлении полного единоначалия и упразднении института военных комиссаров в Красной Армии» институт комиссаров был заменен институтом заместителей командиров по политической части. 13 октября единоначалие было введено и в Военно-морском флоте.