В соответствии с постановлением ЦК РКП(б) от 6 марта 1925 г. «Об единоначалии в Красной Армии» единоначалие в воинских частях проводилось в двух формах, а именно: неполное, когда в руках начальника и строевого командира полностью сосредоточивались функции оперативно-строевые, административные и хозяйственные. Комиссар при этом, освобождаясь от обязанностей повседневного контроля строевой, административной и хозяйственной деятельности командира, сохранял руководство политической и партийной работой в части и нес ответственность за ее морально-политическое состояние; полное – в отношении тех партийных командиров, которые удовлетворяли требованиям партийно-политического руководства (т. е. которые могли быть одновременно и комиссарами) и в лице которых совмещались функции строевые, административно-хозяйственные и партийно-политического руководства.

С правовой точки зрения командир являлся единственным начальником над своими подчиненными, но негласно фактически всю его деятельность продолжали контролировать. Все дело в том, что задача полной ликвидации института военных комиссаров даже не стояла. Суть реформы состояла в сосредоточении функций строевого и партийного контроля в руках одного человека, превращении командира не только в профессионала своего дела, но и в преданного проводника решений Коммунистической партии. Ни о какой деполитизации, а уж тем более департизации командного состава не могло быть и речи. Боязнь политических лидеров страны и руководства РККА потерять контроль над вооруженными силами порождала необходимость сохранять институт политработников, которые преданы идеям партии и которых в любой момент можно было бы использовать для контроля над неблагонадежными командирами.

Внедрение института единоначалия проходило в условиях трений между некоторыми командирами и комиссарами. Темп перехода к единоначалию был невысоким, особенно в звене среднего командного состава. Практика показала, что существовал и ряд субъективных причин столь медленного осуществления единоначалия. Одна из них заключалась в отрицательном отношении большинства политработников к единоначалию вообще. Поэтому неудивительно, что часть из них препятствовала выдвижению в единоначальники начальствующего состава из командиров.

Следует отметить также, что непонимание рядовым составом Красной Армии и флота сущности единоначалия, его пассивность и безразличие стали одним из серьезных недостатков в практической реализации института единоначалия. Реформа воспринималась рядовым составом как очередной виток противостояния различных групп начальствующего состава. Они совершенно не чувствовали себя объектом практического осуществления единоначалия, – и в этом была большая ошибка организаторов реформы.