Значительное увеличение численности войск и сил флота в середине – конце 1930-х гг., резкое уменьшение партийной прослойки среди командного и рядового состава создали угрозу ослабления партийного влияния на вооруженные силы. Кроме того, в связи с быстрым развертыванием вооруженных сил к руководству подразделениями, частями и соединениями пришло большое число молодых командиров, не имевших достаточного опыта руководства войсками. Значительная часть из них была беспартийной. Постановлением ЦИК и СНК СССР от 15 августа 1937 г. было утверждено Положение о военных комиссарах Рабоче-крестьянской Красной Армии. В нем отмечалось, что военные комиссары призваны усилить партийно-политическое руководство войсками и силами флота, взять на себя полностью ведение партийно-политической работы, помочь командирам, разделить с ними ответственность за руководство подразделениями, частями и соединениями.

По существу, в частях, на кораблях и в соединениях временно вводилась неполная форма единоначалия – с разделением руководства и ответственности на военное и политическое: за командиром оставались военно-административные функции, комиссар отвечал за политическую сторону руководства. Эта форма руководства распространялась на все вооруженные силы. Какой-либо контроль со стороны комиссара за деятельностью командира исключался полностью, так как с подготовкой новых военных советских командных кадров этого уже не требовалось. Функция контроля военных комиссаров за деятельностью военспецов теперь полностью изжила себя. Однако следует признать: учреждение института военных комиссаров все же вело к двойственности руководства войсками, что сказывалось в том числе и на его оперативности в чрезвычайных ситуациях.

С учетом качественных изменений, произошедших в вооруженных силах, а также с ростом и укреплением военных партийных организаций летом 1940 г. было принято решение о введении полного единоначалия в армии и на флоте. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-морском флоте» от 12 августа 1940 г. институт военных комиссаров был в очередной раз отменен. Должность комиссара снова была заменена должностью помощника командира по политической работе. Политические управления РККА и РККФ были преобразованы в Главные управления политической пропаганды, соответственно все политорганы армии и флота преобразовывались в управления и отделы политпропаганды. Военное и политическое руководство снова сосредоточивалось в руках командиров соединений и частей.