Хубилай действовал быстро. Он приказал Баяну расквартировать его войско в районе Каракорума, чтобы остановить продвижение Хайду. При себе он оставил военачальника Йису-Тимура, сына великого Боорчу, самого преданного соратника его деда Чингисхана. Из китайских портов в низовьях Янцзы императорский флот доставил в устье Ляохэ огромное количество продовольствия для этой кампании, в которой действительно решалась судьба монгольской империи. Армию Найана они нашли стоящей лагерем близ Ляохэ, прикрывшись, по монгольскому обычаю, рядом повозок. Хубилай, которому было семьдесят два года, наблюдал за сражением с деревянной башни, которую несли или тянули четыре слона. Рашид ад-Дин рассказывает, что в этот день удача не раз склонялась то на одну, то на другую сторону. В конце концов победу одержал Хубилай, очевидно, как сообщает китайская история, благодаря численному преимуществу, а также благодаря слиянию монгольских и китайских воинских частей. Найан попал в плен. Поскольку с внучатым племянником Чингисхана следовало обращаться с уважением, Хубилай казнил его без пролития крови: задушив в войлочном ковре (1288). Несториане, скомпрометированные расположением к ним Найана, могли опасаться репрессий, но Хубилай не стал возлагать на христианство вину за мятеж. Тэмур Олджейту, внук и будущий преемник Хубилая, завершил подавление мятежа, разгромив Кадана и усмирив Маньчжурию и соседние монгольские округа.

Хайду потерял всякую надежду вмешаться в дальневосточные дела. Но он хотя бы остался господином Западной Монголии к западу от Хангая, а также Туркестана. Один из внуков Хубилая, принц Гамала[180], которому была поручена оборона Хангайских гор от людей Хайду, был разбит этим последним, окружен возле Селенги и лишь с большим трудом избежал плена. Хубилай, несмотря на преклонный возраст, счел необходимым лично прибыть на место и выправить ситуацию (июль 1289 г.). Но Хайду, применяя тактику кочевников, уклонился от боя. Баян, оставленный командующим императорской армии в Монголии с центром в Каракоруме, совершил в 1293 г. победоносный рейд против войск мятежника. В том же году на посту командующего его сменил принц Тэмур, внук Хубилая. Назначенный первым министром Хубилая Баян умер вскоре после этого, в 1295 г.

Хубилай не увидел окончания войны с Хайду. Когда великий император умер 18 февраля 1294 г., глава дома Угэдэидов по-прежнему оставался властителем Монголии к западу от Хангая и Центральной Азии. Внук и преемник Хубилая, император Тэмур Олджейту (1294–1307), продолжил борьбу. Главным союзником и вассалом Хайду в это время был Дува, глава Чагатайского улуса в Туркестане. В 1297–1298 гг. Дува внезапно напал и пленил доблестного онгутского принца Кергюза (то есть Георгия; как мы помним, онгуты были несторианами), который командовал императорскими войсками в Монголии и был зятем императора Тэмура Олджейту. Затем Дува попытался так же застать врасплох другую императорскую армию – принца Ананды, прикрывавшую границу страны тангутов (Западное Ганьсу). Но врасплох застали и обратили в бегство его. Он отомстил, казнив своего пленника Кергюза (1298).