Тимуридский принц Умар-шейх, правитель Ферганы (1469-1494), царствовавший лишь благодаря покровительству чагатаидских ханов Моголистана, умер 8 июня 1494 г. Его старший брат, правитель Трансоксианы Ахмед, тут же попытался захватить Фергану, но во время этого похода умер возле Ура-Тюбе (июль 1494 г.) и Фергана осталась у сына Умар-шейха, юного Бабура, будущего Великого Могола.
У Ахмеда остался брат по имени Махмуд и три сына: Масуд, Байсункар и Али, которые начали между собой борьбу за Трансоксиану. Все они занимали самаркандский трон, но очень недолго. Махмуд (1494–1495), тиран и развратник, умер в июле 1495 г. Масуд (1495–1499) правил в Самарканде (по данным Мирхонда[249]) или в Хиссаре (по сведениям Бабура, но те несколько месяцев, что продолжалось его царствование, он потратил на войну с братьями, пока не был ослеплен своим коварным министром. Басункар (1495–1499), недолго правивший в Самарканде в разгар всеобщей смуты, пал от руки того же предателя, что и его брат. Их кузен, правитель Ферганы Бабур, будущий завоеватель Индии, в то время совсем юный – ему было всего четырнадцать лет, – воспользовался смутой, чтобы захватить Самарканд (конец 1497 г.), но не сумел в нем удержаться. Самаркандом овладел кузен Бабура Али, последний сын Ахмеда (1498). Но эти внутренние распри спровоцировали вторжение внешнего врага. Монгольский хан Мухаммед Шейбани, отпрыск старшей ветви Чингизидов и вождь узбекской орды, искал удачу как раз в Трансоксиане. Он обосновался на северном берегу Нижней Сырдарьи и выжидал благоприятного случая, чтобы перейти реку. Безумные раздоры последних Тимуридов предоставили ему такой случай. В 1500 г. он вошел в Бухару, потом разбил лагерь перед Самаркандом. Тимуридский правитель Али совершил неосторожность, вступив с ним в переговоры. Шейбани, который под внешностью цивилизованного принца оставался степным грабителем, приказал убить наивного молодого человека и сел на трон Трансоксианы.
В это время другой потомок Тамерлана Хусейн Байкара удерживал Хорасан. Сначала, в разгар междоусобной борьбы между членами его семьи, он сумел стать властителем Джорджана и Мазендерана со столицей в Астерабаде (сентябрь 1460 г.). Изгнанный из этого княжества в 1461 г. своим кузеном, правителем Трансоксианы Абу-Саидом, он вынужден был отправиться в изгнание. Но смерть Абу-Саида резко изменила его судьбу. Признанный жителями Герата их правителем (25 марта 1469 г.), он царствовал в Хорасане до самой своей смерти (4 мая 1506 г.). Его тридцатисемилетнее правление, несмотря на то что правил он на небольшой территории, оказалось одним из самых благодетельных в восточной истории. Хусейн Байкара, резко отличающийся от своих современников добротой и милосердием, превратил свой двор в Герате в блистательный интеллектуальный центр. Он привлек туда, в частности, персидского поэта Джами, двух персидских историков (деда и внука) Мирхонда и Хондемира, великого персидского художника Бехзада и каллиграфа Султан-Али Мешхеди. Его министром (визирем) был знаменитый Алишер Навои (1441-1501), один из величайших поэтов тюркской чагатайской литературы. Писавший с одинаковой легкостью на персидском и на тюркском, он старался доказать, что тюркский, как литературный язык, может стоять наравне с персидским и даже превосходить его. В это удивительное царствование Герат был Флоренцией того, что называется тимуридским ренессансом.