17 июля Флиндерс получил наконец пакет из Адмиралтейства. В нем находились инструкции относительно предстоящего плавания, разрешение французского правительства, списки материалов и инструментов, переданных Флиндерсу, а также указание губернатору Нового Южного Уэльса выделить в распоряжение руководителя экспедиции в качестве сопровождающего судна находившийся там корабль «Леди Нельсон». Этот бриг водоизмещением в 60 тонн имел небольшую осадку и мог быть использован при исследовании заливов и рек. Кстати сказать, бриг «Леди Нельсон», покинувший Англию в начале, 1800.г., был первым судном, которое прошло в Новый Южный Уэльс через Бассов пролив.

Адмиралтейство опасалось, что Флиндерс может встретиться с экспедицией Николаса Бодена у австралийских берегов и начать бой. Поэтому в случае встречи с французскими кораблями Флиндерсу предписывалось действовать так, как «если бы между двумя странами не было состояния войны».

В связи с этим следует сказать несколько слов о французской экспедиции и о самом Николасе Бодене. Последний родился во Франции в 1750 г., большую часть своей морской службы провел, плавая на торговых судах. В 1786 г. он был зачислен лейтенантом во французский военно-морской флот. Боден плавал в Вест-Индию, и Китай, Малайю и к мысу Доброй Надежды.

Он имел репутацию опытного навигатора. Поэтому, когда в 1798.г. французские ученые предложили Наполеону, занимавшему в то время пост первого консула, послать экспедицию в Новую Голландию, ее командиром пыл назначен Боден.

Для экспедиции было выделено два тридцатипушечных корвета — «Географ» и «Натуралист». Первым командовал сам Боден, вторым — Эммануэль Гамелен.

И хотя экспедиция готовилась очень тщательно, проходила она неудачно. Плавание к острову Маврикий продолжалось 145 дней. Дисциплина на кораблях была очень низкой. Дезертировало 50 человек, в том числе 10 из научного персонала экспедиции. Сорок дней Боден простоял у Маврикия, а когда 25 апреля 1801 г. вышел в плавание, австралийская зима была в разгаре. Поскольку у южного побережья пятого континента бушевали бури, Боден, плывя на север, начал изучение западного берега Новой Голландии. 30 мая «Географ» бросил якорь в месте, где сейчас расположен город Басселтон. Здесь Боден потерял из виду «Натуралиста» и решил на одном корабле плыть на север, делая зарисовки побережья. От мыса Левек «Географ» повернул к Тимору, где встретился с «Натуралистом». От Тимора Боден направился к Земле Ван Димена, плывя вдоль западного побережья Новой Голландии на юг. У входа в Бассов пролив сильный шторм опять разъединил французские корабли. «Натуралист» пошел в Сидней, а «Географ» продолжил исследования берегов Бассова пролива. Был уже апрель 1802 г.