Еще одной характерной особенностью этой войны стало большое количество точеных ликвидаций. Уже в июле две тысячи первого года — «генерал» Аслан Масхадов провел секретное совещание, посвященному большим потерям среди лидеров боевиков, амиров ваххабитских банд, глав родов. Получалось, что их гибло едва ли не больше, чем рядового состава — была видна работа отрядов ликвидаторов, умеющих выглядеть как чеченцы, говорить по-чеченски и имеющих обширные агентурные позиции в рядах боевиков. Система защиты информации как в Аль-Каиде налажена не было, боевики скрывались в селах, «плавали как рыбы в воде в среде местного населения» по образному выражению председателя Мао — вот только неведомые рыбаки выдергивали их из воды один за другим.

В июне две тысячи первого года в ходе спецоперации в селе Алхан-Кала ликвидирован Арби Бараев, убийца и террорист, лично убивший около двухсот человек. На его совести — была казнь и иностранных заложников. Точечная операция была бы невозможной, если бы схрон Арби Бараева не выдали.

В ноябре две тысячи первого года был ликвидирован ближайший сподручный Хаттаба «генерал» Адам Умалатов по кличке Тегеран. Небольшая группа боевиков попала в засаду и погибла до последнего человека.

Крупный отряд бандитов под командованием Шамиля Басаева при прорыве из окруженного Грозного попал в засаду, сам Басаев подорвался на мине и потерял ногу, до трехсот человек — осталось на минном поле. Эта операция была бы невозможной, если бы место прорыва Басаева не выдали.

За три — четыре года с момента начала контртеррористической операции — удалось ликвидировать практически всю верхушку бандформирований. В этом, российские разведслужбы оказались на одном уровне с американскими, хотя техническое оснащение американцев — выше как минимум на поколение.

Среди ликвидированных бандитов и террористов: Хункарпаша Исрапилов, Асламбек Исмаилов, Лечи Дудаев, Абу Мовсаев, Иса Астамиров, Бауди Бакуев, Магомед Цагараев, Арби Бараев, эмир Хаттаб, Руслан Гелаев, Зелимхан Яндарбиев, Ваха Арсанов, Аслан Масхадов и Абдул-Халим Сайдулаев. Уничтожено более тысячи иностранных наёмников, воевавших на стороне чеченских боевиков, на территории России. Среди уничтоженных: Абу Умар — полевой командир из бандформирования Хаттаба, Абу Хаким — первый заместитель Хаттаба, араб; Абу Бакар — командир группы иностранных наёмников из бандформирования Хаттаба, гражданин Турции; а также полевые командиры — арабы: Абу Самад, Абу Идрис, Гамиди Якуб, Сайфулла — всего двадцать полевых командиров-арабов воевавших под командованием Хаттаба и Абу аль Валида, нашли свою смерть в Чечне.