Однако Египет и Сирия были очень разными странами, как по темпам развития, так и по уровню жизни. К тому же, активное противодействие проектам оказывали не только помещики, но новая буржуазия обеих объединившихся в ОАР стран.

Сирийским помещикам и промышленникам не нравилась конфискационная направленность многих мероприятий. Египтяне стремились установить свое политическое и экономическое господство в Сирийском районе. Поэтому уровень жизни в Сирии резко снизился.

Резкое сокращение сельскохозяйственного производства отразилось и на других отраслях экономики. В этих условиях египетские внешнеторговые организации стали проводить дискриминационную политику в отношении торговых сделок Сирийского района. В самой Сирии египетские товары успешно конкурировали с местными, приводя к закрытию многих предприятий (особенно в текстильной промышленности), а также к резкому росту безработицы. Это был второй звонок.

А слияние продолжалось и в политической области. В 1959 египетская партия Национальный союз была объявлена единственной легальной политической партией ОАР. В марте 1960 г. объявлялось о создании единой Национальной ассамблеи, кандидатов в депутаты которой должны были выдвигать члены Национального союза каждого района. В связи с тем, что в Сирийском районе в Национальный союз были избраны многие члены бывших, теперь уже не существующих партий, они оказались и в Национальной ассамблее ОАР.

В августе 1961 г. исполнительные советы обоих районов были ликвидированы и образовано центральное правительство с местопребыванием в Каире. Из 35 министров лишь 14 представляли Сирийский район. В Национальную ассамблею избрано 385 египетских депутатов и только 70 сирийских (вместо намечавшихся ранее 200). Баасистские лидеры скоро поняли, что партия не займет того положения в Национальном союзе, на которое они рассчитывали. Между тем их противники обвинили именно баасистов в тяжелом положении в стране, как инициаторов объединения.

Когда в Сирии летом 1961 начались национализация и перераспределение собственности, сирийские мелкие и средние городские торговцы выступили за выход из состава ОАР. Против «социалистических» нововведений выступила даже «левая» сирийская Баас, мотивируя свою позицию желанием смягчить критику процесса объединения двух государств и ссылаясь на то, что эти меры приведут скорее к усилению централизованного контроля над экономикой, чем к достижению социальной справедливости.

Наблюдалось недовольство и в армии, где многие старшие офицеры – сторонники БААС были либо уволены в запас, либо понижены в должности и переведены в Египетский район. Широкая оппозиция объединению и ослабление проегипетских сил в Сирии после перевода Сараджа на работу в Каир помогли коалиции гражданских политиков и военных создать заговор.