Принципы свободы совести и презумпции невиновности вытекают из равенства граждан перед законом. В силу конституционной самостоятельности каждого из них, эти принципы реализуются в сочетании с принципами уголовного закона. Основополагающей гарантией свободы совести, свободы вероисповедания, включая право исповедовать индивидуально или совместно с другими любую религию или не исповедовать никакой, свободно выбирать, иметь и распространять религиозные и иные убеждения и действовать в соответствии с ними, является светский характер государства, закреплённый в качестве основы его конституционного строя.

Федеральный закон от 26 сентября 1997 года «О свободе совести и о религиозных объединениях»[231] предусмотрел систему гарантий реализации принадлежащей каждому человеку свободы совести, исходя из равенства перед законом независимо от отношения к религии и убеждений. В соответствии с частью 3 статьи 16 этого закона, проведение религиозных обрядов и церемоний в помещениях мест содержания под стражей допускается с соблюдением требований уголовно-процессуального законодательства.

Уголовно-процессуальные требования к государственным органам и должностным лицам содержатся в пункте 2 части 1 статьи 6 УПК РФ, согласно которым уголовное судопроизводство имеет своим назначением защиту личности от незаконного и необоснованного обвинения, осуждения, ограничения его прав и свобод.

В соответствии со статьей 14 УПК РФ, обвиняемый считается невиновным, пока его виновность в совершении преступления не будет доказана в предусмотренном Уголовно-процессуальным кодексом порядке и установлена вступившим в законную силу приговором суда (часть 1). Подозреваемый или обвиняемый не обязан доказывать свою невиновность. Бремя доказывания обвинения и опровержения доводов, приводимых в защиту подозреваемого или обвиняемого, лежит на стороне обвинения (часть 2). Все сомнения в виновности обвиняемого, которые не могут быть устранены в порядке, установленном Уголовно-процессуальным кодексом, толкуются в пользу обвиняемого (часть 3). Обвинительный приговор не может быть основан на предположениях (часть 4).

Уголовное законодательство обеспечивает безопасность человека (часть 1 статьи 7 УК РФ), гарантируя уголовно-правовую охрану личности и защиту человека от произвола государственных органов и должностных лиц.

Таким образом, конституционное, уголовное и уголовно-процессуальное законодательство Российской Федерации, наряду с общепризнанными принципами и нормами международного права признаёт, соблюдает и защищает свободу совести человека, рассматривая его права и свободы как высшую ценность, что прямо указано в статье 2 Конституции РФ в качестве государственной обязанности.