Не удивительно, что во фривольной атмосфере двора дочери канцлера приписывали любовные отношения, по крайней мере, с несколькими придворными. Среди них с племянником Генри Джармина, занимавшим должность конюшего герцога Йоркского, с конюшим ее собственного двора Генри Сиднеем, будущим графом Ромни, и Генри Сэвиллом, братом будущего маркиза Галифакса. Кроме того, распускались слухи, что она в 1667 году отравила леди Денхэм, жену поэта сэра Джона Денхэма. Двадцатилетняя Маргарет, иначе ее называли Элизабет, Денхэм была моложе своего мужа на 33 года и считалась одной из замечательных красавиц двора. Она запечатлена на одном из десяти портретов Лели, входивших в королевскую коллекцию и известных как «Виндзорские красавицы». По выражению Пеписа, герцог Йоркский «ходил за ней, как собака», открыто посещая ее непосредственно в доме супруга, хотя мог щадить его честь, ибо именно Денхэм на свой страх и риск вывез его ребенком в Париж во время гражданской войны. Молодая леди, по-видимому, была отравлена: она почувствовала себя плохо, выпив чашку шоколада, и скончалась в агонии через несколько дней, будучи в уверенности, что стала жертвой преступления. Подозревали или ее супруга, или герцогиню Йоркскую. Никаких подтверждений этим слухам нет. Сэр Джон сразу после ее смерти впал в старческую деменцию и скончался через год. Анна Хайд всегда сквозь пальцы смотрела на похождения мужа, хотя в этот раз была не так терпима: ухаживания Джеймса Йоркского начались еще до женитьбы Маргарет, говорили, что он был бы готов жениться на ней, если его супруга, здоровье которой быстро ухудшалось от частых беременностей и родов, умрет. Когда леди Денхэм скончалась, на двери покоев герцогини вывесили пасквиль с обвинениями. Ничем не подтвержденные слухи складывались в копилку интриг против Кларендона.

Первоочередной задачей после возвращения из эмиграции было создание королевской администрации. Карл II пошел по тому очевидному пути, который вел к стабильности. В Тайный совет были первоначально включены 28 человек, относившихся к трем группам. Первую группу из шестнадцати членов составили последовательные роялисты, те, кто был с Карлом в его бедствиях. В ней доминировали Хайд, Николас и Ормонд. К ней же можно отнести лорда Саутгемптона (сын патрона Шекспира), который на протяжении междуцарствия оставался в Англии. Ко второй группе относились четверо: Монк, Монтагю, Купер и Ховард — те, кто ранее были сторонниками Кромвеля. Купер явно недолюбливал Кларендона, и в 1663 году едва не присоединился к лорду Бристолу, попытавшемуся добиться обвинения канцлера в государственной измене. Третью группу из восьми человек составили те, кто во время гражданской войны стоял на стороне парламента, но был в оппозиции к последующим режимам. К ней относились креатура Монка Морис, получивший должность государственного секретаря по делам севера, Дензил Холлес (один из пяти парламентариев, которых Карл I намеревался арестовать в январе 1642 года), а также граф Нортумберленд. Хотя число лиц, назначенных в Тайный совет, было значительным с самого начала и возросло до 30–40 человек (хотя не все члены участвовали в его работе), реальное влияние имели только несколько человек, входивших в «ближний круг»: Хайд, Николас, Ормонд, Саутгемптон, Монк и Морис.